PT JBE mengajukan Gugatan karena permohonan pembatalan SKP tahap kedua mereka dikembalikan oleh DJP tanpa diperiksa substansinya. DJP beralasan permohonan tersebut diajukan lebih dari satu tahun setelah keputusan permohonan pertama, padahal Pasal 14 ayat (6) PMK-8/PMK.03/2013 membatasi waktu pengajuan hanya 3 bulan.
Namun, PT JBE datang dengan argumen yang tidak biasa. Mereka tidak membantah keterlambatan tersebut, melainkan menyerang validitas SKP itu sendiri. PT JBE berdalih bahwa SKP yang mereka terima cacat hukum (void) karena ditandatangani oleh Kepala KPP, bukan Dirjen Pajak langsung, dengan menganggap keputusan pendelegasian wewenang (KEP Dirjen) tidak sah mengikat pihak eksternal. Dengan logika ini, PT JBE mengklaim bahwa karena SKP-nya cacat mutlak, maka batasan waktu prosedural 3 bulan tidak berlaku bagi mereka. Mereka mencoba memisahkan rezim hukum "pembatalan karena tidak benar" dengan "pembatalan karena seharusnya tidak diterbitkan".
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dengan tegas menolak akrobat hukum PT JBE. Dalam pertimbangannya, Hakim mengesahkan praktik pelimpahan wewenang (mandat) dari Dirjen Pajak kepada pejabat di bawahnya sebagai praktik yang sah dan diakui dalam Hukum Administrasi Negara.
Lebih krusial lagi, Hakim menegaskan bahwa ketentuan prosedural bersifat mengikat dan memaksa (dwingend recht). Pasal 13 ayat (3) PMK-8 yang menjadi sandaran PT JBE dinyatakan sebagai satu kesatuan utuh dengan pasal-pasal lainnya. Artinya, apapun alasan pembatalannya—baik materiil maupun cacat wewenang—Wajib Pajak tetap wajib tunduk pada syarat formal batas waktu pengajuan. Karena PT JBE terlambat mengajukan permohonan kedua, maka hak mereka untuk mendapatkan keadilan materiil otomatis gugur.
Putusan ini mengirimkan sinyal keras: Jangan bermain-main dengan tenggat waktu. Strategi PT JBE untuk menggunakan argumen "cacat wewenang" sebagai kartu joker untuk menganulir kesalahan prosedural (keterlambatan) terbukti tidak efektif. Pengadilan Pajak cenderung konservatif dalam hal hukum acara; jika syarat formal tidak terpenuhi, argumen substansi sekuat apapun tidak akan didengar.
Bagi praktisi dan Wajib Pajak, kasus ini menegaskan bahwa memahami hierarki aturan internal DJP (seperti KEP pelimpahan wewenang) adalah penting, namun mematuhinya sebagai hukum positif yang berlaku jauh lebih krusial. Menantang validitas tanda tangan pejabat pajak adalah strategi "long-shot" yang jarang berhasil, sementara disiplin waktu adalah benteng pertahanan pertama yang wajib dijaga.
Kasus PT JBE adalah pengingat bahwa dalam litigasi pajak, bentuk (formil) seringkali mendahului isi (materiil). Ketidaktahuan atau pengabaian terhadap batas waktu 3 bulan dalam pengajuan permohonan kedua berujung pada hilangnya hak Wajib Pajak secara permanen. Kepatuhan pada prosedur bukan sekadar formalitas birokrasi, melainkan syarat mutlak untuk mendapatkan akses ke keadilan pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini