Sengketa perpajakan antara PT SUR dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) mengenai koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Masa Pajak April 2018 memberikan pelajaran krusial bagi pelaku industri agribisnis. Konflik ini berpusat pada interpretasi ekualisasi peredaran usaha PPh Badan terhadap DPP PPN, khususnya pada akun pendapatan lain-lain. DJP melakukan koreksi atas penjualan ayam afkir, kotoran ayam, karung bekas, serta pelepasan aktiva tetap berupa kandang, dengan asumsi bahwa seluruh penyerahan yang dilakukan oleh Pengusaha Kena Pajak (PKP) di lingkungan usahanya secara otomatis terutang PPN.
Inti konflik terletak pada dualisme pemaknaan Pasal 4 ayat (1) huruf d dan Pasal 16D UU PPN. DJP berargumen bahwa setiap aliran ekonomi dari perusahaan harus dipungut PPN tanpa melihat apakah kegiatan tersebut merupakan bisnis inti atau sekadar sampingan. Di sisi lain, Wajib Pajak membela diri dengan menyatakan bahwa penyerahan barang seperti kotoran ayam tidak tercantum dalam izin usaha (SKT), sehingga tidak memenuhi syarat subjektif penyerahan dalam kegiatan usaha. Lebih lanjut, untuk penjualan aset tetap, Wajib Pajak menekankan bahwa Pajak Masukan saat perolehan aset tersebut tidak pernah dikreditkan karena digunakan untuk menghasilkan produk (DOC) yang PPN-nya dibebaskan.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam putusannya memberikan resolusi yang berimbang namun tegas. Majelis menolak argumen Wajib Pajak terkait kotoran ayam dan karung bekas, menegaskan bahwa prinsip netralitas PPN menuntut agar setiap nilai tambah dalam lingkup usaha tetap dikenakan pajak, baik itu core business maupun usaha sampingan. Namun, dalam isu penjualan aset tetap dan ayam afkir, Majelis berpihak pada Wajib Pajak. Majelis secara jeli menerapkan Pasal 16D UU PPN yang mensyaratkan bahwa penyerahan aktiva yang tujuan semulanya tidak untuk diperjualbelikan hanya terutang PPN jika Pajak Masukan saat perolehannya dapat dikreditkan. Karena Pajak Masukan aktiva tersebut nyata-nyata tidak dikreditkan oleh Wajib Pajak, maka penjualannya bukan merupakan objek PPN.
Implikasi dari putusan ini menegaskan pentingnya manajemen dokumentasi Pajak Masukan sejak masa perolehan aktiva. Kemenangan sebagian Wajib Pajak dalam kasus ini membuktikan bahwa konsistensi dalam tidak mengkreditkan Pajak Masukan atas aset yang digunakan untuk penyerahan yang dibebaskan adalah kunci perlindungan hukum saat aset tersebut dijual kembali. Perusahaan agribisnis harus lebih berhati-hati dalam memetakan kategori penyerahan agar selaras dengan kriteria Pasal 16D dan Pasal 4A UU PPN guna menghindari risiko sanksi bunga yang signifikan akibat koreksi ekualisasi.