Laporan Keuangan Audited menjadi perisai utama PT MS dalam membatalkan koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN senilai ratusan juta rupiah. Sengketa ini berpusat pada upaya otoritas pajak menggunakan metode gross up atas koreksi negatif Harga Pokok Penjualan (HPP) untuk menetapkan tambahan peredaran usaha secara sepihak. Pemeriksa berasumsi bahwa setiap efisiensi atau selisih biaya material secara otomatis mencerminkan adanya penjualan yang tidak dilaporkan, sebuah pendekatan yang kemudian diuji validitasnya di muka persidangan Pengadilan Pajak.
Inti konflik mencuat ketika Terbanding menemukan selisih antara data Buku Besar dengan SPT, lalu melakukan gross up dengan margin laba untuk menambah DPP PPN. Pemohon Banding dengan tegas menolak narasi tersebut, menyatakan bahwa Pasal 4 ayat (1) UU PPN mewajibkan adanya bukti penyerahan barang secara nyata, bukan sekadar kalkulasi matematis atas pos biaya. Pemohon menunjukkan bahwa angka HPP di SPT telah sesuai dengan Laporan Audit independen, sehingga tuduhan adanya omzet tersembunyi menjadi tidak relevan.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya memihak pada kebenaran material yang tersaji dalam Laporan Keuangan Audited. Hakim menilai langkah Terbanding yang mencampuradukkan berbagai sumber data (Buku Besar dan Laporan Audit) secara tidak konsisten telah menghasilkan kesimpulan yang keliru. Namun, Majelis tetap mempertahankan sebagian kecil koreksi atas selisih administrasi yang gagal dibuktikan oleh wajib pajak. Putusan ini menggarisbawahi bahwa meskipun pemeriksa memiliki kewenangan luas, asumsi tanpa bukti transaksi material tidak dapat dipertahankan secara hukum.