Penerapan Pasal 16F UU PPN seringkali menjadi momok bagi pembeli ketika lawan transaksi tidak memenuhi kewajiban perpajakannya. Kasus PT MS mencuat saat Pajak Masukan dikoreksi karena PT GF selaku penjual tidak melaporkan faktur pajak dalam SPT-nya. Konflik ini menguji batas tanggung jawab pembeli, di mana otoritas pajak menuntut bukti arus barang yang sempurna, sementara pembeli berfokus pada bukti pembayaran pajak yang telah dilakukan melalui sistem perbankan.
Majelis Hakim memberikan resolusi dengan merujuk pada Pasal 4 ayat (2) PP No. 1 Tahun 2012, menyatakan bahwa pembeli dibebaskan dari tanggung jawab renteng jika dapat membuktikan pembayaran PPN kepada penjual. Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa kegagalan penjual dalam melapor pajak (non-compliant) adalah ranah penagihan otoritas pajak kepada penjual, bukan dengan membatalkan hak pengkreditan pembeli yang beriktikad baik.
Kesimpulannya, bukti transfer bank yang memuat pembayaran PPN adalah dokumen krusial bagi Wajib Pajak untuk mengamankan hak pengkreditan Pajak Masukan.