Kewajiban perpajakan Kontraktor Kontrak Kerja Sama (KKS) Migas senantiasa menjadi medan sengketa yang kompleks, mengingat adanya penerapan ketentuan lex specialis yang diatur di luar Undang-Undang Pajak Penghasilan (UU PPh) umum. Putusan Nomor PUT-005041.13/2024/PP/M.XIIIB Tahun 2025 secara tegas membuktikan bahwa alokasi biaya Technical Service Assistance (TSA) dan General & Administrative Overhead (G&A Overhead) dari Kantor Pusat kepada Bentuk Usaha Tetap (BUT) di Indonesia bukanlah objek PPh Pasal 26. Konflik ini berakar pada perbedaan fundamental interpretasi antara Direktorat Jenderal Pajak (DJP) yang menerapkan Pasal 26 UU PPh secara umum versus Kontraktor KKS yang bersandar pada prinsip cost recovery dalam kontrak PSC (Production Sharing Contract) dan dikuatkan oleh Surat Menteri Keuangan No. S-604/MK.017/1998.
Inti konflik ini bermula ketika DJP, dalam proses pemeriksaan, menganggap alokasi biaya TSA dan G&A Overhead yang dibebankan Kantor Pusat kepada PT CI (Pemohon Banding) memiliki substansi sebagai imbalan jasa yang terutang PPh Pasal 26. DJP berpegangan pada ketentuan umum bahwa pembayaran kepada Wajib Pajak Luar Negeri (WPLN) untuk jasa harus dipotong PPh. Di sisi lain, Pemohon Banding secara konsisten berargumen bahwa Kantor Pusat dan BUT adalah satu kesatuan entitas dalam melaksanakan KKS. Pembayaran tersebut hanyalah mekanisme penggantian biaya (cost recovery) operasional yang diizinkan dalam KKS untuk mendukung kegiatan eksplorasi dan eksploitasi, sehingga tidak memenuhi definisi "penghasilan" berupa imbalan jasa yang menjadi objek PPh Pasal 26.
Dalam resolusi sengketa ini, Majelis Hakim mengambil posisi yang mengutamakan ketentuan khusus sektor Migas. Majelis berpendapat bahwa dalam konteks perpajakan KKS Migas, prinsip-prinsip yang termaktub dalam kontrak dan surat penegasan setingkat Menteri Keuangan harus dijadikan rujukan utama. Merujuk pada SMK No. S-604/MK.017/1998, Majelis menyimpulkan bahwa alokasi biaya TSA dan G&A Overhead yang berkaitan dengan kewajiban kontrak PSC adalah bersifat DTP (Ditanggung Pemerintah) atau bahkan bukan objek PPh Pasal 26 karena sifatnya sebagai cost recovery. Akibatnya, Majelis memutuskan untuk membatalkan sebagian besar koreksi DPP PPh Pasal 26 Terbanding.
Putusan ini memiliki dampak signifikan bagi Kontraktor KKS, karena memberikan kepastian hukum bahwa alokasi biaya operasional yang telah diatur dalam kontrak PSC dan ditegaskan dalam Surat Menteri Keuangan tidak serta merta dapat dikenakan PPh Pasal 26 berdasarkan ketentuan umum. Analisis menunjukkan bahwa kunci kemenangan Wajib Pajak adalah kemampuan untuk secara komprehensif membuktikan bahwa alokasi biaya tersebut murni cost recovery dan bukan transaksi jasa yang mengandung unsur laba. Meskipun Majelis mengabulkan sebagian (karena adanya koreksi minor yang tidak dibantah), Putusan ini secara substansial memperkuat posisi Kontraktor KKS untuk membantah pengenaan PPh Pasal 26 atas biaya overhead yang dialokasikan.