Sengketa ini bermula ketika Terbanding melakukan koreksi terhadap Pajak Masukan PT TMCI dengan dalih bahwa pemasok menggunakan NSFP sebelum tanggal pemberian resmi dari KPP atau di luar jatah yang ditentukan. Terbanding berpegang teguh pada PER-24/PJ/2012, yang mengklasifikasikan faktur tersebut sebagai Faktur Pajak Tidak Lengkap, sehingga secara otomatis tidak dapat dikreditkan oleh pembeli.
Di sisi lain, TMCI selaku Pemohon Banding berargumen bahwa sebagai pembeli, mereka tidak memiliki kontrol maupun akses untuk memverifikasi validitas jatah NSFP yang dimiliki oleh vendor mereka. TMCI menekankan bahwa transaksi tersebut adalah nyata, barang telah diterima, dan PPN telah dibayarkan kepada negara melalui vendor. Merujuk pada prinsip tanggung jawab renteng dalam Pasal 16F UU PPN, pembeli seharusnya tidak dihukum atas kegagalan administratif yang dilakukan sepenuhnya oleh pihak penjual.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya sependapat dengan Pemohon Banding. Hakim menegaskan bahwa kewajiban untuk menerbitkan faktur pajak yang benar sesuai regulasi adalah tanggung jawab mutlak penjual sebagai Pengusaha Kena Pajak (PKP) yang memungut. Karena pembeli dan penjual adalah entitas hukum yang terpisah, pembeli tidak dapat dibebani tanggung jawab untuk mengawasi kepatuhan prosedur NSFP pihak lain. Sepanjang syarat formal identitas dalam Pasal 13 ayat (5) UU PPN terpenuhi dan arus uang serta barang dapat dibuktikan, maka hak pengkreditan Pajak Masukan tetap sah secara hukum.
Putusan ini memberikan implikasi penting bagi kepastian hukum di Indonesia. Hal ini menegaskan bahwa "kebenaran substansi" dalam hukum pajak tidak boleh dikalahkan oleh "kesalahan prosedur" yang dilakukan oleh pihak ketiga. Kemenangan mutlak (Kabul Seluruhnya) bagi Wajib Pajak dalam kasus ini menjadi preseden kuat bahwa selama Wajib Pajak dapat membuktikan itikad baik dan bukti pembayaran pajak yang valid, hak-hak perpajakannya harus tetap terlindungi dari sanksi akibat kelalaian administratif pihak lain.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini