Berdasarkan hierarki hukum perpajakan Indonesia, Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP) menetapkan bahwa Direktur Jenderal Pajak memiliki wewenang atributif untuk melakukan pemeriksaan guna menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan Wajib Pajak. Pelaksanaan wewenang ini diatur lebih lanjut melalui Peraturan Pemerintah Nomor 50 Tahun 2022 yang memberikan pedoman tata cara pelaksanaan hak dan pemenuhan kewajiban perpajakan. Sebagai peraturan pelaksana utama terkini di era sistem inti administrasi perpajakan (Coretax), Kementerian Keuangan menerbitkan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 15 Tahun 2025 (PMK 15/2025). Peraturan ini merevitalisasi tata cara audit dengan mengklasifikasikan tipe pemeriksaan kepatuhan menjadi Pemeriksaan Lengkap, Pemeriksaan Terfokus, dan Pemeriksaan Spesifik. Secara hukum, Pemeriksaan Terfokus didefinisikan sebagai pengujian kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan yang berfokus pada satu atau beberapa pos dalam Surat Pemberitahuan (SPT) dan/atau Surat Pemberitahuan Objek Pajak (SPOP) secara mendalam.
Otoritas pajak menetapkan Wajib Pajak sebagai sasaran pemeriksaan untuk menguji kepatuhan pemenuhan kewajiban perpajakan berdasarkan dua kondisi utama. Kondisi pertama meliputi pengajuan permohonan pengembalian kelebihan pembayaran pajak atau penyampaian SPT yang menyatakan lebih bayar. Kondisi kedua meliputi pemilihan Wajib Pajak berdasarkan sistem analisis risiko yang mengindikasikan adanya ketidakpatuhan. Pemeriksaan Terfokus umumnya merupakan instrumen yang digunakan oleh otoritas pajak untuk menindaklanjuti kondisi kedua, di mana area ketidakpatuhan Wajib Pajak telah terisolasi pada pos-pos tertentu.
Secara teknis pelaksanaan, Direktorat Jenderal Pajak menerapkan metode Risk-Based Audit (RBA) untuk menyeleksi Wajib Pajak. Komite Perencanaan Pemeriksaan pada tingkat Kantor Pelayanan Pajak, Kantor Wilayah, hingga Kantor Pusat menyusun Daftar Sasaran Prioritas Penggalian Potensi (DSP3) dan Daftar Sasaran Prioritas Pemeriksaan (DSPP). Komite Perencanaan Pemeriksaan menentukan populasi Wajib Pajak yang akan diperiksa berdasarkan indikasi ketidakpatuhan tinggi yang menciptakan kesenjangan (tax gap) antara profil perpajakan di dalam SPT dengan profil ekonomi yang sesungguhnya di lapangan.
Otoritas pajak menggunakan parameter analisis kuantitatif dan kualitatif yang ketat untuk mengukur tingkat risiko ketidakpatuhan tersebut. Parameter teknis pertama mencakup analisis perbandingan rasio keuangan Wajib Pajak terhadap nilai rata-rata (benchmarking) industri sejenis. Rasio ini meliputi Corporate Tax to Turn Over Ratio (CTTOR), Gross Profit Margin (GPM), dan Net Profit Margin (NPM). Otoritas pajak mengategorikan Wajib Pajak pada tingkat risiko tinggi apabila selisih antara rasio Wajib Pajak dengan rata-rata industri melebihi rentang 10% hingga 20%.
Parameter teknis kedua menitikberatkan pada pengujian kewajaran skema transaksi afiliasi. Pemeriksa Pajak menargetkan Wajib Pajak yang memiliki transaksi signifikan dengan pihak yang memiliki hubungan istimewa, terutama pihak afiliasi yang berkedudukan di yurisdiksi dengan tarif pajak efektif yang lebih rendah daripada Indonesia. Otoritas pajak juga memberikan atensi khusus pada Wajib Pajak yang memiliki transaksi afiliasi intra-grup yang nilainya melebihi 50% dari total nilai transaksi, atau Wajib Pajak yang bertransaksi dengan anggota grup usaha yang berstatus kompensasi kerugian. Karakteristik ini sering kali mengindikasikan adanya skema perencanaan pajak agresif (aggressive tax planning) atau pengalihan laba (transfer pricing).
Parameter teknis ketiga mencakup kepatuhan formal dan temuan intelijen perpajakan. Kriteria ini meliputi Wajib Pajak yang belum pernah menjalani pemeriksaan dengan ruang lingkup seluruh jenis pajak (all taxes) dalam kurun waktu tiga tahun terakhir, atau Pengusaha Kena Pajak yang menerbitkan Faktur Pajak kepada pembeli dengan NPWP 000 melebihi 25% dari total Faktur Pajak. Selain itu, informasi yang bersumber dari analisis Informasi, Data, Laporan, dan Pengaduan (IDLP) serta analisis dari Center for Tax Analysis (CTA) menjadi rujukan utama bagi Komite Perencanaan Pemeriksaan untuk menaikkan status risiko Wajib Pajak.
Sebagai contoh penerapan praktis, integrasi sistem Coretax mengubah metode manual seleksi Wajib Pajak menjadi automasi digital. Sistem Coretax menggunakan mesin algoritma Compliance Risk Management (CRM) untuk memetakan Wajib Pajak ke dalam kuadran risiko secara sistematis dan terukur.
Misalnya, algoritma CRM menelan data laporan keuangan PT XYZ dan menemukan bahwa Gross Profit Margin PT XYZ konsisten berada 15% di bawah benchmark industri manufaktur sejenis. Sistem juga mengidentifikasi bahwa 60% pembelian bahan baku PT XYZ dilakukan dari perusahaan afiliasi di luar negeri. Berdasarkan analisis mesin CRM tersebut, sistem menetapkan PT XYZ pada kuadran risiko tinggi. Komite Perencanaan Pemeriksaan kemudian memvalidasi data tersebut dan menempatkan PT XYZ ke dalam DSPP. Karena anomali risiko secara spesifik hanya berpusat pada Harga Pokok Penjualan (pembelian bahan baku) dan kewajaran Harga Transfer, Kepala Kantor Pelayanan Pajak memutuskan untuk menerbitkan instruksi Pemeriksaan Terfokus.
Pada hari pertama pemeriksaan, tim Pemeriksa Pajak menyampaikan Surat Pemberitahuan Pemeriksaan yang dilengkapi dengan dokumen Term of Reference (TOR) kepada PT XYZ. Dokumen TOR ini secara eksplisit menetapkan bahwa pos yang diperiksa dibatasi hanya pada pos Pembelian dan Pajak Pertambahan Nilai Masukan, sehingga pengujian berlangsung secara linier, efisien, dan tidak menyimpang ke pos operasional lain yang berisiko rendah. Proses ini membuktikan bahwa penentuan Wajib Pajak untuk Pemeriksaan Terfokus merupakan hasil dari penyaringan berbasis risiko yang objektif, yang memberikan kepastian hukum bagi Wajib Pajak sekaligus menjaga efisiensi sumber daya otoritas perpajakan.