Koreksi Pajak Masukan atas pemanfaatan Jasa Kena Pajak dari Luar Daerah Pabean (PPN PJLN) seringkali menjadi "koreksi sekunder" yang mengikuti temuan pemeriksaan PPh Badan terkait harga transfer. Dalam kasus PT S, Terbanding melakukan diskualifikasi atas Pajak Masukan karena menganggap transaksi jasa kepada afiliasi tidak memiliki substansi ekonomi dan dikategorikan sebagai dividen terselubung. Terbanding berargumen bahwa karena transaksi tersebut bukan merupakan penyerahan JKP, maka bukti setor pajak tidak memenuhi syarat material sebagaimana diatur dalam Pasal 9 ayat (8) UU PPN.
Namun, sengketa ini memberikan pelajaran krusial mengenai netralitas PPN. Pemohon Banding berhasil membuktikan bahwa kewajiban penyetoran PPN telah dilaksanakan sesuai prosedur atas pemanfaatan jasa teknis dan pemasaran yang mendukung operasional perusahaan. Argumen kunci terletak pada penerapan Pasal 13 ayat (1) PP 1/2012, yang menegaskan bahwa kesalahan pemungutan atau klasifikasi oleh pemungut tidak boleh menghilangkan hak pengkreditan Pajak Masukan bagi pihak yang memanfaatkan jasa selama PPN tersebut telah disetor ke kas negara.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangannya menegaskan bahwa kewenangan melakukan secondary adjustment dalam UU PPh tidak dapat digunakan secara analogi untuk membatalkan hak pengkreditan PPN yang secara nyata telah dibayar. Majelis menekankan bahwa pembuktian eksistensi jasa tidak bisa hanya bersifat asumtif melalui pendekatan transfer pricing di PPh, melainkan harus melihat fakta penyetoran pajak ke negara. Putusan ini mengukuhkan bahwa hak pengkreditan Pajak Masukan merupakan hak dasar wajib pajak yang dilindungi oleh peraturan pemerintah sebagai kepastian hukum.