DJP melakukan koreksi atas Pajak Masukan Jasa Luar Negeri PT EPE senilai Rp10,29 miliar karena keterlambatan pelaporan pembetulan SPT Masa yang dianggap melanggar daluwarsa formal. Sengketa ini menjadi krusial karena menguji pertentangan antara kepatuhan administratif prosedural dengan kebenaran material atas pajak yang nyata-nyata telah disetor ke kas negara beserta sanksi bunganya.
Konflik bermula ketika Terbanding menolak kompensasi kelebihan PPN dari Masa Januari 2017 yang dibawa ke Masa Januari 2018. Alasan Terbanding murni formal: pembetulan SPT dilakukan lewat dari batas 2 tahun sebelum daluwarsa. Namun, PT EPE melawan dengan bukti bahwa mereka telah melunasi pokok PPN JKP LN periode 2015-2016 beserta sanksi bunga Rp7,5 miliar melalui mekanisme Bukti Permulaan. PT EPE berargumen bahwa menolak pengkreditan atas pajak yang sudah dibayar dan didenda adalah bentuk ketidakadilan sistemik.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam putusannya berpihak pada kebenaran materiil. Majelis menyoroti inkonsistensi DJP yang di satu sisi menolak kompensasi tersebut dalam SKPKB ini, namun di sisi lain mengakuinya dalam proses pemeriksaan restitusi (SKPLB) untuk tahun pajak berikutnya. Amar putusan yang mengabulkan seluruhnya permohonan banding menegaskan bahwa hak konstitusional Wajib Pajak untuk mengkreditkan pajak yang telah dibayar tidak boleh gugur hanya karena hambatan administratif, selama substansi transaksinya valid dan telah diakui secara sistemik oleh otoritas pajak itu sendiri.
Kasus ini menjadi preseden penting bagi Wajib Pajak bahwa dokumentasi pembayaran sanksi dan konsistensi pengakuan saldo dalam berbagai produk hukum pajak (seperti SKPLB periode lain) adalah senjata utama dalam menghadapi koreksi formalistik. Kemenangan ini menunjukkan bahwa Pengadilan Pajak tetap menjadi benteng terakhir untuk menegakkan keadilan substantif di atas kekakuan regulasi administratif.