Sengketa PPN dalam skema Kerja Sama Operasi (KSO) seringkali terjebak dalam perdebatan antara formalitas administratif kontrak dengan realitas ekonomi di lapangan. Kasus PT DR menjadi preseden penting mengenai penerapan prinsip substance over form dalam hukum perpajakan Indonesia. Konflik dipicu oleh rekarakterisasi Tergugat yang menganggap penyerahan jasa kepada PLN seharusnya dipungut sendiri oleh KSO sebagai entitas mandiri, bukan langsung oleh anggota KSO menggunakan kode faktur pemungut.
Tergugat bersikukuh bahwa secara legal formal kontrak ditandatangani oleh KSO, sehingga kewajiban PPN melekat pada entitas KSO sesuai PP 1/2012. Namun, PT DR membuktikan bahwa KSO tersebut bersifat non-administratif di mana pembayaran dilakukan langsung ke masing-masing anggota tanpa melalui rekening bersama. Majelis Hakim memberikan putusan progresif dengan menyatakan bahwa karena PPN sudah nyata-nyata dipungut oleh PLN dan masuk ke kas negara, maka aspek keadilan harus diutamakan. Putusan ini menegaskan bahwa administrasi perpajakan tidak boleh mengabaikan fakta substansial bahwa pajak telah terutang dan dibayar, guna menghindari ketidakadilan hukum bagi Wajib Pajak yang sudah patuh.