Polemik pengkreditan Pajak Masukan (PM) seringkali terbentur pada formalitas administratif yang kaku, seperti sengketa yang dialami PT WR di mana Terbanding melakukan koreksi PM sebesar Rp493.470.785,00 karena tanggal Faktur Pajak (31 Juli 2015) diterbitkan sebelum tanggal surat pemberian Nomor Seri Faktur Pajak (7 Agustus 2015). Terbanding berpegang teguh pada aturan bahwa faktur tersebut dianggap cacat formal karena menggunakan nomor yang belum sah diberikan oleh sistem KPP, sehingga hak pengkreditan bagi pembeli menjadi gugur.
Namun, PT WR selaku Pemohon Banding memberikan perlawanan argumen yang menekankan pada aspek substansi dan itikad baik pembeli. Mereka menegaskan bahwa penyerahan barang benar-benar terjadi, pembayaran telah dilakukan melalui transfer bank yang valid, dan PPN telah disetorkan ke kas negara oleh penjual. Dari sisi administratif, pembeli tidak memiliki akses untuk memverifikasi tanggal internal pemberian NSFP lawan transaksi karena dokumen tersebut bersifat privat antara penjual dan KPP.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak akhirnya mengambil posisi yang progresif dengan mengedepankan asas keadilan substansial. Majelis menilai bahwa ketidaksesuaian tanggal NSFP adalah murni kesalahan administratif di sisi penerbit faktur yang tidak boleh menghapus hak konstitusional Wajib Pajak untuk mengkreditkan PM, selama transaksi tersebut nyata (materialitas terpenuhi). Majelis juga menegaskan bahwa instruksi internal seperti Surat Edaran (SE) tidak boleh mengesampingkan hak Wajib Pajak yang diatur dalam undang-undang yang lebih tinggi.
Implikasi dari putusan ini memberikan angin segar bagi pelaku usaha bahwa selama elemen "Itikad Baik" dan bukti materialitas transaksi (arus uang dan arus barang) dapat dibuktikan secara kuat, kesalahan administratif formal di sisi lawan transaksi tidak seharusnya menjadi beban bagi pembeli. Kesimpulan ini menjadi preseden penting untuk menyeimbangkan antara tertib administrasi perpajakan dengan hak substansial pembayar pajak.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini