Sengketa ini berfokus pada substansi melawan formalitas administrasi dalam pemungutan PPN atas pemanfaatan BKP Tidak Berwujud dari luar daerah pabean oleh PT VI pada Masa Pajak Desember 2015. Akar permasalahan muncul ketika Terbanding (DJP) melakukan koreksi DPP PPN sebesar Rp6.534.040.130 dengan dalih bahwa Pemohon Banding salah mencantumkan Kode Jenis Setoran (KJS) pada Surat Setoran Pajak (SSP). DJP bersikuh bahwa penggunaan KJS 900 (Pemungut PPN Dalam Negeri) menggantikan KJS 101 atau 102 menyebabkan setoran tersebut tidak dapat diakui sebagai pemenuhan kewajiban PPN atas royalti luar negeri, meskipun uang telah masuk ke kas negara.
Inti konflik ini terletak pada interpretasi Pasal 3A ayat (3) UU PPN dan PMK Nomor 40/PMK.03/2010. Terbanding memandang bahwa syarat formalitas dokumen yang dipersamakan dengan Faktur Pajak adalah harga mati. Karena SSP menggunakan KJS yang diperuntukkan bagi transaksi dalam negeri, Terbanding menganggap PPN atas royalti luar negeri tersebut belum dibayar. Sebaliknya, PT VI berargumen bahwa kesalahan tersebut hanyalah kekhilafan administratif (clerical error). Secara materiil, pajak telah dipungut dan disetorkan, dibuktikan dengan validasi Nomor Transaksi Penerimaan Negara (NTPN) yang sah. Membayar kembali pajak yang sama akan mencederai asas keadilan dan menyebabkan pemajakan ganda yang tidak berdasar.
Majelis Hakim dalam resolusinya mengedepankan asas substance over form. Hakim mempertimbangkan bahwa keberadaan NTPN dan Nomor Transaksi Bank (NTB) adalah bukti tak terbantahkan bahwa dana telah diterima oleh negara. Kesalahan pengisian KJS tidak serta-merta menghapus fakta pembayaran. Majelis menegaskan bahwa selama identitas Wajib Pajak, masa pajak, dan jumlah nominalnya benar, serta dana telah tervalidasi di sistem perbendaharaan negara, maka kewajiban perpajakan secara substansi telah terpenuhi. Oleh karena itu, Majelis membatalkan koreksi Terbanding dan mengabulkan seluruh permohonan banding PT VI.
Analisis ini menunjukkan bahwa meskipun kepatuhan formal penting, kepastian hukum harus didasarkan pada kebenaran materiil. Putusan ini menjadi preseden penting bahwa kesalahan administratif dalam pengisian kode setoran tidak boleh merugikan hak Wajib Pajak yang telah beriktikad baik menyetorkan pajaknya. Implikasinya, DJP diharapkan lebih fleksibel melalui mekanisme pemindahbukuan (Pbk) atau validasi sistem daripada melakukan koreksi yang bersifat punitif terhadap kesalahan teknis yang tidak merugikan penerimaan negara.
Kasus PT VI menegaskan bahwa validitas NTPN merupakan bukti tertinggi dalam pelunasan pajak. Wajib Pajak disarankan untuk tetap teliti dalam pengisian kode akun pajak dan KJS, namun putusan ini memberikan perlindungan hukum bahwa kebenaran substansial atas aliran uang ke kas negara tetap diakui oleh pengadilan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini