Koreksi positif peredaran usaha sebesar Rp25,2 miliar yang didasarkan semata-mata pada ekualisasi Surat Pemberitahuan (SPT) Masa PPN dengan SPT Tahunan PPh Badan seringkali mengabaikan realitas akuntansi komersial seperti audit adjustment. Dalam sengketa PT ELI, otoritas pajak menggunakan pendekatan matching cost against revenue yang kaku terhadap data pelaporan PPN Keluaran tanpa mempertimbangkan koreksi nilai transaksi pasca-audit yang telah dilakukan secara sah melalui jurnal penyesuaian oleh auditor independen.
Inti konflik ini bermula ketika Terbanding menemukan bahwa nilai penyerahan dalam SPT Masa PPN Januari-November 2015 lebih tinggi dibandingkan nilai penjualan dalam SPT Tahunan PPh Badan. Terbanding bersikeras bahwa setiap rupiah yang telah dipungut PPN-nya dan dilaporkan oleh lawan transaksi harus diakui sebagai penghasilan dalam PPh Badan. Di sisi lain, Wajib Pajak berargumen bahwa selisih tersebut adalah hasil penyesuaian harga jual material tembakau yang awalnya dinilai terlalu tinggi (overbooked) dan telah dikoreksi melalui audit adjustment sebelum pelaporan PPh Badan. Kendala administratif muncul karena Wajib Pajak telah melakukan merger sehingga secara hukum tidak dapat lagi melakukan pembetulan SPT Masa PPN.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya memberikan bobot signifikan pada bukti substansi ekonomi berupa laporan audit independen dan data SAP yang menunjukkan adanya pembatalan nilai transaksi. Majelis berpendapat bahwa kebenaran materiil harus diutamakan di atas formalitas pelaporan PPN, terutama ketika terbukti tidak ada aliran kas masuk yang nyata atas selisih tersebut. Amar putusan yang mengabulkan seluruhnya banding ini menegaskan bahwa ekualisasi hanyalah alat deteksi awal, bukan bukti absolut adanya penghasilan yang belum dilaporkan jika Wajib Pajak mampu membuktikan adanya penyesuaian akuntansi yang valid.
Implikasi dari putusan ini memberikan kepastian hukum bagi pelaku usaha bahwa dokumentasi audit dan kertas kerja akuntansi yang kuat merupakan instrumen pertahanan vital dalam menghadapi koreksi ekualisasi. Kasus ini juga menyoroti pentingnya mempertimbangkan aspek hukum perseroan, seperti status entitas pasca-merger, yang seringkali membatasi kemampuan administratif Wajib Pajak dalam memenuhi prosedur formal perpajakan seperti pembetulan SPT.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini