Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-002222.16/2023/PP/M.XVIIIA Tahun 2025 menggarisbawahi diskrepansi krusial antara kepatuhan formal penerbitan Faktur Pajak PPN dengan kebenaran substansi pelaporan omzet, khususnya dalam sengketa yang dipicu oleh mekanisme rekonsiliasi data pemotongan PPh Pasal 23. Kasus ini bermula dari koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Masa Pajak Mei 2017 sebesar Rp5.000.000,00 oleh Direktorat Jenderal Pajak (DJP) terhadap PT HKR, menyusul temuan Bukti Potong PPh Pasal 23 yang diterbitkan oleh PT FIF yang dianggap belum diterbitkan Faktur Pajaknya pada masa yang sama, sebuah praktik yang umum terjadi dalam pengujian kepatuhan fiskal.
Konflik inti dalam kasus ini terletak pada interpretasi waktu terutangnya PPN dan pembuktiannya. DJP berpegang pada ketentuan Pasal 13 Undang-Undang PPN, yang mewajibkan Faktur Pajak diterbitkan pada saat terutang (Mei 2017), dan menilai keterlambatan penerbitan Faktur Pajak hingga setahun kemudian (Mei 2018) sebagai pelanggaran formal yang membenarkan koreksi. Argumentasi DJP menguatkan perlunya konsistensi antara data PPh (Bukti Potong) dan data PPN (Faktur Pajak Keluaran).
Namun, Pemohon Banding, meskipun mengakui keterlambatan formal tersebut akibat kendala operasional penerimaan Bukti Potong dari cabang lawan transaksi, berhasil membuktikan substansi bahwa PPN atas transaksi Rp5.000.000,00 tersebut telah dilaporkan. Melalui penyajian Faktur Pajak gabungan yang secara eksplisit mencantumkan nomor Bukti Potong yang disengketakan, Pemohon Banding menunjukkan bahwa nilai DPP tersebut sudah masuk dalam penghitungan Pajak Keluaran di Masa Pajak Mei 2018. Selain itu, data komparatif totalitas transaksi dengan PT. FIF selama satu tahun fiskal menunjukkan bahwa total DPP PPN yang dilaporkan Pemohon Banding melebihi total penghasilan yang dipotong PPh 23.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak, dalam pertimbangannya, memberikan penekanan pada asas kebenaran materiil yang mengesampingkan kelemahan formalitas yang ada. Dengan mengacu pada kewenangan pembuktian sesuai Pasal 78 Undang-Undang Pengadilan Pajak, Majelis berkeyakinan bahwa PPN atas nilai koreksi tersebut telah terbukti dicatat dan dilaporkan, meskipun terjadi pada masa pajak yang berbeda. Putusan ini menegaskan bahwa tujuan koreksi untuk menambah PPN terutang menjadi gugur ketika Wajib Pajak dapat membuktikan bahwa Pajak Pertambahan Nilai atas objek sengketa sudah dilaporkan, meskipun terlambat.
Implikasi putusan ini memperkuat perlunya Wajib Pajak untuk mengutamakan dokumentasi komprehensif yang mampu menghubungkan Bukti Potong PPh dengan Faktur Pajak PPN, serta memberikan sinyal bahwa pembuktian substansi pelaporan dapat menjadi kunci kemenangan dalam sengketa rekonsiliasi fiskal. Meskipun terdapat cacat administrasi, kebenaran materiil tetap menjadi panglima dalam menentukan hak dan kewajiban perpajakan di pengadilan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini