Sengketa ini bermula ketika Terbanding melakukan koreksi positif atas Pajak Masukan sebesar Rp6.529.238.764,00 pada Masa Pajak Maret 2014 milik PT. GP. Terbanding menggunakan dalil Pasal 8 ayat (1) UU KUP yang menyatakan bahwa pembetulan SPT tidak dapat dilakukan jika telah dilakukan pemeriksaan atau diterbitkan surat ketetapan pajak. Menurut otoritas pajak, nilai kompensasi dari Masa Maret 2013 tersebut dianggap "hangus" secara prosedural karena tidak melalui mekanisme pembetulan yang sah setelah terbitnya SKPN Masa Januari-Maret 2013.
Namun, PT. GP memberikan argumen tandingan yang kuat dengan merujuk pada Pasal 8 ayat (4) UU KUP mengenai pengungkapan ketidakbenaran pengisian SPT saat pemeriksaan. PT. GP menegaskan bahwa mereka telah mengungkapkan adanya sisa kelebihan pajak yang belum dikompensasikan ke masa manapun sebesar Rp6,5 Miliar. Kesalahan bermula dari ketidaktelitian pemeriksa yang hanya mengakui kompensasi sebesar Rp1,5 Miliar dalam SKPKB Masa April 2013, sementara sisa hak Wajib Pajak terabaikan akibat kendala administratif sistem.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya mengedepankan prinsip substance over form. Setelah memeriksa bukti material berupa SKPN dan SKPKB masa-masa terkait, Majelis menemukan fakta tak terbantahkan bahwa saldo lebih bayar sebesar Rp6.529.238.764,00 memang benar-benar ada dan belum pernah dikompensasikan atau dikembalikan kepada Wajib Pajak. Majelis menegaskan bahwa hak material Wajib Pajak atas kelebihan pembayaran pajak tidak boleh dikalahkan oleh kerumitan prosedur administrasi atau kesalahan teknis pencatatan oleh petugas pajak.
Implikasi dari putusan ini sangat krusial bagi praktik perpajakan di Indonesia. Putusan ini menjadi preseden bahwa kepastian hukum harus ditegakkan berdasarkan kebenaran materiil. Bagi Wajib Pajak, kasus ini menekankan pentingnya dokumentasi rekonsiliasi saldo kompensasi yang presisi dan keberanian untuk melakukan pengungkapan ketidakbenaran sesuai Pasal 8 ayat (4) UU KUP guna melindungi hak-hak mereka dari kesalahan administratif yang bersifat teknis.
Majelis Hakim akhirnya mengabulkan seluruhnya permohonan banding PT. GP. Hal ini membuktikan bahwa selama Wajib Pajak dapat membuktikan secara nyata keberadaan hak materialnya, pengadilan pajak akan memberikan perlindungan hukum meskipun terdapat batasan prosedural dalam pengisian SPT.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini