Sengketa pajak antara PT EK dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) memuncak pada persidangan Pengadilan Pajak terkait koreksi biaya luar usaha dan penolakan kredit pajak PPh Pasal 23. DJP melakukan koreksi atas biaya bunga pinjaman karena dianggap tidak memenuhi kualifikasi biaya 3M (Mendapatkan, Menagih, dan Memelihara penghasilan) sebagaimana diatur dalam Pasal 6 ayat (1) UU PPh. Selain itu, DJP menolak pengkreditan pajak PPh Pasal 23 dengan alasan bukti potong tidak dapat dikonfirmasi dalam sistem internal mereka, yang memicu sengketa material atas beban pajak terutang Wajib Pajak.
Inti konflik berpusat pada standar pembuktian (burden of proof) di mana Wajib Pajak berargumen bahwa biaya bunga tersebut nyata digunakan untuk modal kerja operasional perusahaan yang didukung oleh perjanjian pinjaman dan rekening koran. Di sisi lain, sengketa kredit pajak menyoroti ego sektoral sistem administrasi pajak; DJP bersikukuh pada validasi sistem, sementara Wajib Pajak memegang bukti potong asli sebagai bukti otentik terjadinya pemotongan oleh pihak ketiga. Perbedaan paradigma ini menjadi titik krusial dalam perdebatan hukum di hadapan Majelis Hakim.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menegaskan prinsip kebenaran materiil di atas formalitas administrasi. Terkait biaya bunga, Majelis menilai dokumen pendukung yang disajikan Pemohon Banding telah cukup membuktikan kaitan biaya tersebut dengan operasional perusahaan. Mengenai kredit pajak, Majelis mengambil posisi progresif dengan menyatakan bahwa kegagalan sistem konfirmasi internal DJP tidak boleh menghilangkan hak konstitusional Wajib Pajak untuk mengkreditkan pajak yang telah nyata dipotong, sepanjang bukti potong asli dapat ditunjukkan dan divalidasi keasliannya.
Implikasi dari putusan ini memberikan kepastian hukum bagi Wajib Pajak bahwa selama dokumen sumber (source documents) lengkap dan relevan, koreksi atas biaya 3M dapat dibatalkan. Putusan ini juga menjadi yurisprudensi penting terkait Kredit Pajak, mempertegas bahwa hak pengkreditan pajak tidak boleh digantungkan semata-mata pada proses administratif internal otoritas pajak (konfirmasi) yang berada di luar kendali Wajib Pajak. Kesimpulannya, ketertiban dokumentasi dan keberanian dalam pembuktian materiil menjadi penentu kemenangan dalam sengketa ini.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini