Sengketa perpajakan seringkali bersifat interkoneksi, di mana koreksi pada satu jenis pajak berdampak domino pada jenis pajak lainnya, sebagaimana terjadi pada PT SIP. Kasus ini bermula dari pemeriksaan lapangan yang dilakukan oleh Direktorat Jenderal Pajak (DJP) terhadap kewajiban PPN Masa Pajak Februari 2018, di mana otoritas pajak melakukan koreksi signifikan atas Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Penyerahan sebesar Rp 952.119.600. Dasar utama koreksi ini adalah hasil ekualisasi dengan penetapan peredaran usaha pada PPh Badan tahun pajak yang sama, yang dihitung menggunakan metode tidak langsung melalui gross up margin laba kotor karena data primer wajib pajak dianggap tidak handal.
Konflik meruncing ketika PT SIP bersikukuh bahwa mereka adalah Pedagang Eceran yang diperbolehkan menerbitkan Faktur Pajak tanpa identitas pembeli lengkap sesuai regulasi. Namun, DJP membantah validitas pembukuan wajib pajak yang menggunakan rekening pribadi untuk transaksi bisnis dan sistem pencatatan yang rentan dimanipulasi. Inti sengketa ini terletak pada keabsahan metode gross up 9,67% yang digunakan DJP untuk menetapkan nilai penyerahan, yang dianggap wajib pajak sebagai asumsi sepihak yang melanggar prinsip actual basis dalam perpajakan.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya mengambil sikap konsisten dengan putusan sengketa PPh Badan terkait. Mengingat koreksi omzet pada PPh Badan PT SIP telah diuji dan dipertahankan dalam putusan sebelumnya, maka secara hukum materiil, koreksi PPN yang merupakan derivasi dari omzet tersebut juga dinyatakan tetap dipertahankan. Majelis Hakim menilai tidak terdapat bukti baru yang cukup kuat untuk membatalkan hasil ekualisasi yang telah menjadi dasar ketetapan semula.
Putusan ini menegaskan pentingnya sinkronisasi data antar jenis pajak bagi wajib pajak. Implikasi bagi praktisi adalah bahwa memenangkan atau mempertahankan argumen di satu jenis pajak (seperti PPh Badan) sangat krusial karena akan menentukan nasib jenis pajak lainnya (PPN) dalam kasus ekualisasi. Bagi PT SIP, kegagalan dalam membuktikan validitas peredaran usaha di tingkat PPh Badan secara otomatis menutup peluang kemenangan pada sengketa PPN terkait.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini