Fasilitas PPN tidak dipungut atas penyerahan BKP ke Kawasan Bebas memerlukan pembuktian formal yang ketat melalui mekanisme endorsement dokumen PPFTZ-03. Dalam sengketa PT NI melawan otoritas pajak, kegagalan membuktikan masuknya barang secara administratif mengakibatkan pembatalan fasilitas pajak meskipun arus barang secara fisik telah terjadi. Hal ini menegaskan bahwa dalam hukum pajak Indonesia, kebenaran materiil harus didukung sepenuhnya oleh kepatuhan formal (prosedural).
Konflik utama bermula saat PT NI melaporkan penjualan produk ke Batam dengan kode faktur 07 (Fasilitas Tidak Dipungut). Namun, karena pihak pembeli di Batam lalai mengurus endorsement ke KPP setempat, otoritas pajak melakukan koreksi dan menuntut pembayaran PPN penuh. PT NI berargumen bahwa sebagai penjual, mereka tidak memiliki kontrol atas kewajiban administratif pembeli. Namun, Majelis Hakim berpendapat bahwa beban pembuktian atas hak fasilitas berada pada pihak yang mengklaim fasilitas tersebut. Tanpa adanya stempel pengesahan (endorsement) pada dokumen pemberitahuan pabean, syarat kumulatif yang diatur dalam PMK-62/2012 dianggap tidak terpenuhi, sehingga penyerahan tersebut wajib dipungut PPN secara mandiri oleh penjual.
Implikasi dari putusan ini bagi pelaku usaha sangat signifikan. Perusahaan tidak bisa lagi hanya mengandalkan bukti pengiriman logistik (surat jalan/delivery order) untuk mempertahankan klaim fasilitas PPN di Kawasan Bebas. Putusan ini menjadi preseden kuat bahwa kelalaian administratif pihak ketiga (pembeli) dapat berakibat fatal secara finansial bagi penjual. Oleh karena itu, verifikasi dokumen PPFTZ-03 yang telah di-endorse harus diintegrasikan ke dalam prosedur standard operating procedure (SOP) keuangan perusahaan untuk menghindari sengketa serupa di masa depan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini