Sengketa pengkreditan Pajak Masukan pada PT Kapuas Permata Medifarma (PT KPM) memicu perdebatan yuridis mengenai esensi fasilitas PPN Ditanggung Pemerintah (PPN-DTP) dalam penanganan pandemi COVID-19. Terbanding melakukan koreksi Pajak Masukan sebesar Rp16.367.548,00 dengan dalil bahwa penyerahan yang mendapatkan fasilitas DTP harus diperlakukan sama dengan fasilitas PPN Dibebaskan sebagaimana diatur dalam Pasal 16B ayat (3) UU PPN, sehingga Pajak Masukannya tidak dapat dikreditkan.
Inti konflik terletak pada interpretasi Pasal 16B UU PPN. Terbanding menggunakan pendekatan substansi ekonomi, berargumen bahwa karena pembeli tidak membayar PPN, maka secara otomatis beban pajak tersebut hilang dan pengkreditan Pajak Masukan harus ditiadakan untuk mencegah beban ganda pada anggaran negara. Sebaliknya, PT KPM menegaskan bahwa secara legal-formal, PPN-DTP adalah pajak yang terutang namun dibayar oleh negara, berbeda dengan PPN Dibebaskan di mana pajak memang tidak terutang. PT KPM merujuk pada kode faktur "07" yang secara eksplisit membolehkan pengkreditan Pajak Masukan sesuai ketentuan Pasal 16B ayat (2) UU PPN.
Majelis Hakim dalam resolusinya membatalkan seluruh koreksi Terbanding. Hakim berpendapat bahwa Terbanding tidak dapat menyamakan PPN-DTP dengan PPN Dibebaskan tanpa dasar hukum yang eksplisit dalam Peraturan Menteri Keuangan terkait COVID-19. Majelis menekankan bahwa penggunaan KMK-643/1994 oleh Terbanding adalah salah kaprah karena aturan tersebut sudah dicabut. Selain itu, Majelis menilai bahwa jika Pajak Masukan tidak boleh dikreditkan, maka terjadi ketidakadilan bagi Wajib Pajak yang telah menjalankan fungsi penyerahan barang strategis dalam masa darurat nasional.
Implikasi dari putusan ini menegaskan kedudukan hukum PPN-DTP sebagai fasilitas yang tetap menjaga hak pengkreditan Pajak Masukan bagi pengusaha. Putusan ini menjadi preseden penting bahwa otoritas pajak tidak dapat melakukan analogi hukum antara "PPN Dibebaskan" and "PPN Ditanggung Pemerintah" untuk membatasi hak konstitusional Wajib Pajak dalam mengkreditkan Pajak Masukan, kecuali diatur secara spesifik dalam undang-undang. Kesimpulannya, PT KPM berhasil membuktikan bahwa hak pengkreditan Pajak Masukan tetap melekat pada penyerahan dengan fasilitas PPN-DTP. Kepatuhan administratif dalam penggunaan kode faktur pajak yang tepat menjadi kunci utama dalam memenangkan sengketa ini di Pengadilan Pajak.