Konflik bermula ketika PT JBE mengajukan permohonan Pasal 36 ayat (1) huruf b UU KUP kepada DJP, meminta pengurangan atau pembatalan surat ketetapan pajak yang dianggap tidak benar. Namun, DJP melalui surat keputusannya langsung mengembalikan (menolak memproses) permohonan tersebut. Dasar penolakannya murni prosedural: merujuk pada Keputusan Dirjen Pajak (KEP-146/PJ/2018 jo. KEP-206/PJ/2021), sistem DJP mendeteksi bahwa Wajib Pajak pernah mengajukan banding atas SKP yang sama. Bagi DJP, frasa "pernah mengajukan banding" adalah harga mati yang menutup pintu Pasal 36, tanpa peduli bahwa putusan banding sebelumnya berstatus NO alias belum pernah diperiksa pokok perkaranya.
Di hadapan Majelis Hakim Pengadilan Pajak, pertarungan narasi hukum terjadi. DJP bersikukuh pada kepatuhan terhadap SOP internal sebagai wujud tertib administrasi. Sebaliknya, Wajib Pajak berargumen bahwa menolak permohonan Pasal 36 hanya karena adanya putusan banding yang cacat formil adalah pelanggaran terhadap rasa keadilan. Wajib Pajak menegaskan bahwa karena materi sengketa (substansi utang pajak) belum pernah disentuh oleh palu hakim, maka hak mereka untuk mencari keadilan substantif melalui mekanisme Pasal 36 seharusnya tetap dijamin oleh Undang-Undang, yang kedudukannya lebih tinggi dari sekadar Keputusan Dirjen Pajak.
Majelis Hakim VIII-A Pengadilan Pajak akhirnya memberikan putusan yang melegakan bagi pencari keadilan. Dalam pertimbangan hukumnya, Majelis secara tegas menolak penerapan aturan internal DJP yang membatasi hak Wajib Pajak secara berlebihan. Hakim menerapkan asas Lex Superior Derogat Legi Inferiori, menegaskan bahwa KEP Dirjen Pajak tidak boleh menganulir hak yang diberikan oleh UU KUP. Lebih lanjut, Hakim menyatakan bahwa putusan NO tidak memiliki kekuatan res judicata (perkara yang telah diputus) terhadap materi sengketa. Oleh karena itu, tindakan DJP mengembalikan permohonan dinyatakan tidak sah, dan Wajib Pajak berhak untuk diproses permohonan Pasal 36-nya.
Putusan ini membawa implikasi besar bagi strategi perpajakan di Indonesia. Hal ini menjadi preseden bahwa kegagalan formal dalam satu tahap upaya hukum (Banding NO) tidak serta merta mematikan hak sipil Wajib Pajak untuk menempuh jalur hukum lain yang tersedia (Pasal 36). Putusan ini mengirimkan pesan kuat kepada otoritas pajak untuk tidak berlindung di balik tembok administrasi kaku yang mencederai keadilan substantif, sekaligus mengingatkan Wajib Pajak untuk terus memperjuangkan haknya selama materi sengketa belum pernah diadili secara final.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini