Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-000085.16/2019/PP/M.IIIA Tahun 2020 menjadi preseden penting dalam menggarisbawahi diskontinuitas antara kepatuhan administratif kepabeanan dan hak fasilitas perpajakan di kawasan berikat. Inti sengketa ini bermula dari koreksi positif DPP Pajak Pertambahan Nilai (PPN) atas penyerahan yang PPN-nya harus dipungut sendiri senilai Rp9.890.208.528,00 yang dilakukan oleh Terbanding terhadap PT SI. Sebagai Pengusaha di Gudang Berikat merangkap Penyelenggara di Gudang Berikat (PDGB), PT SI memanfaatkan fasilitas PPN Tidak Dipungut berdasarkan Pasal 14 ayat (2) huruf a angka 4 Peraturan Pemerintah Nomor 85 Tahun 2015, yang secara eksplisit berlaku untuk penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) dari Gudang Berikat ke Kawasan Berikat (PDKB).
Konflik utama muncul karena Terbanding menganggap fasilitas PPN Tidak Dipungut batal lantaran PT SI menyerahkan BKP kepada tiga pelanggan PDKB yang namanya tidak tercantum dalam Daftar Perusahaan Tujuan Distribusi Barang (DPTDB) di dalam izin PDGB Pemohon Banding. Terbanding memperluas ketentuan kepabeanan ini menjadi syarat substantif perpajakan, menyimpulkan bahwa pelanggaran DPTDB otomatis menghilangkan status penyerahan dari Gudang Berikat, sehingga PPN menjadi terutang. Selain itu, Terbanding keliru menuntut dokumen BC 4.0 sebagai bukti pengolahan lanjut.
Dalam persidangan, Pemohon Banding berhasil membantah argumen ini dengan meyakinkan. PT SI menegaskan bahwa DPTDB adalah murni persyaratan administratif kepabeanan yang diatur oleh Direktorat Jenderal Bea dan Cukai (DJBC). Pelanggaran atas DPTDB hanya berkonsekuensi pada sanksi kepabeanan, bukan membatalkan perlakuan PPN yang sudah dijamin oleh status kawasan berikat. Lebih lanjut, PSI menyajikan dokumen BC 2.7, yang merupakan dokumen kepabeanan yang benar dan sah untuk proses pengeluaran barang dari satu Tempat Penimbunan Berikat ke TPB lainnya (Gudang Berikat ke Kawasan Berikat), sekaligus menetralkan tuntutan keliru Terbanding atas dokumen BC 4.0.
Majelis Hakim akhirnya mengabulkan seluruh permohonan banding PT SI. Pertimbangan hukum Majelis Hakim secara tajam memisahkan antara ranah perpajakan dan kepabeanan. Majelis menyatakan bahwa ketidakpatuhan terhadap DPTDB adalah isu yang berada di bawah kewenangan pengawasan DJBC dan tidak memiliki kaitan langsung dengan kewajiban pemungutan PPN. Dengan terpenuhinya syarat substansial (status kawasan) dan penggunaan dokumen pengeluaran yang tepat (BC 2.7), koreksi DPP PPN oleh Terbanding dinyatakan tidak berdasar.
Implikasi dari putusan ini sangat signifikan. Keputusan ini memberikan kepastian hukum bagi Wajib Pajak yang beroperasi di kawasan berikat, menegaskan bahwa fasilitas PPN Tidak Dipungut diberikan berdasarkan status dan tujuan kawasan, bukan semata-mata karena pemenuhan detail administratif dalam izin kepabeanan. Putusan ini menjadi pengingat bagi Direktorat Jenderal Pajak (DJP) untuk tidak mencampuradukkan atau memperluas konsekuensi pelanggaran administratif kepabeanan menjadi pembatalan hak perpajakan, terutama terkait fasilitas fiskal yang bertujuan mendorong ekspor. Bagi Wajib Pajak, pelajaran utamanya adalah pentingnya memelihara dokumentasi yang konsisten dan tepat, serta kemampuan untuk berargumen berdasarkan pemisahan yang jelas antara regulasi perpajakan dan kepabeanan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini