Penanganan sengketa Pajak Penghasilan (PPh) Pasal 23, khususnya pada konteks jasa kepelabuhanan, sering kali berujung pada perdebatan mengenai Dasar Pengenaan Pajak (DPP) atau yang dikenal sebagai "Jumlah Bruto". Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-004001.12/2024/PP/M.XIIIB Tahun 2025 yang mengabulkan sebagian permohonan banding PT JMI memberikan pelajaran penting tentang standar pembuktian dalam litigasi PPh Pemotongan dan Pemungutan (Potput). Koreksi oleh Direktur Jenderal Pajak (DJP) berfokus pada kegagalan Wajib Pajak (WP) membuktikan bahwa PPh Pasal 23 telah dipotong dan disetor, serta penolakan atas klaim penggantian biaya (reimbursement) yang diklaim bukan objek pajak, sebagaimana diatur dalam Pasal 23 UU PPh dan Peraturan Menteri Keuangan Nomor 141/PMK.03/2015. DJP berpegangan bahwa tanpa pemisahan yang jelas dan bukti pendukung yang valid (back-to-back invoice), seluruh pembayaran jasa harus dianggap sebagai Jumlah Bruto yang terutang PPh Pasal 23.
Inti Konflik dalam kasus ini adalah pertentangan antara kewajiban formal dan kebenaran substansial. WP berargumen bahwa sebagian pembayaran adalah reimbursement dan sebagian lagi telah disetor PPh-nya, meski mungkin terlambat atau terdapat cacat administrasi. DJP menolak pengakuan reimbursement karena WP dianggap gagal menyajikan bukti pembayaran kepada pihak ketiga, yang merupakan prasyarat mutlak untuk mengurangi Jumlah Bruto PPh Pasal 23. Oleh karena itu, DJP mempertahankan koreksi pokok pajak PPh Pasal 23 atas seluruh transaksi.
Resolusi konflik dicapai melalui pendekatan Majelis Hakim yang berorientasi pada kebenaran materiil. Majelis Hakim membatalkan sebagian koreksi dengan alasan WP telah membuktikan PPh yang terutang sudah disetor dan dilaporkan, walaupun melampaui batas waktu penyetoran yang ditentukan. Lebih lanjut, Majelis menerima argumentasi WP untuk memisahkan komponen reimbursement dari Jumlah Bruto karena didukung oleh bukti-bukti yang dianggap memadai, sehingga menegaskan bahwa substansi pembayaran lebih diutamakan daripada formalitas yang kaku. Putusan Kabul Sebagian ini secara efektif mengurangi jumlah pajak yang harus dibayar WP dari ratusan juta menjadi lebih rendah.
Analisis dan Dampak putusan ini memberikan kepastian hukum yang penting bagi WP, khususnya perusahaan yang bergerak di sektor jasa kepelabuhanan dan memiliki banyak transaksi yang melibatkan komponen reimbursement. Implikasi utamanya adalah: (1) Bukti setoran PPh Pasal 23, meskipun terlambat, dapat digunakan untuk membatalkan koreksi pokok pajak dalam proses Banding. (2) Wajib Pajak harus menyusun dokumentasi kontrak dan invoice secara cermat, memastikan pemisahan Jumlah Bruto PPh Pasal 23 untuk memitigasi risiko pemeriksaan. Kegagalan dalam dokumentasi reimbursement sesuai PMK 141/PMK.03/2015 tetap menjadi celah koreksi yang signifikan, namun putusan ini menunjukkan bahwa Majelis dapat mempertimbangkan bukti substansial lainnya.
Kesimpulan yang dapat ditarik adalah bahwa strategi litigasi yang berhasil harus didasarkan pada pembuktian ganda: secara teknis, membuktikan setoran yang telah dilakukan; dan secara substansial, membuktikan sifat transaksi (misalnya, reimbursement vs service fee). Penguatan tata kelola perpajakan dan dokumentasi back-to-back adalah kunci untuk meminimalkan sengketa PPh Pasal 23 di masa mendatang.