Penerbitan Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB) oleh Direktur Jenderal Pajak (DJP) wajib tunduk pada ketentuan formal administrasi yang ketat, termasuk batas waktu daluwarsa penetapan pajak yang diatur dalam Pasal 13 ayat (1) Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP). Dalam kasus Banding PPN Masa Pajak Agustus 2018 (Putusan Nomor PUT-004005.16/2024/PP/M.XIIIB Tahun 2025), Pengadilan Pajak secara mutlak membatalkan SKPKB PPN karena dianggap melanggar daluwarsa penetapan, meskipun SKPKB tersebut diterbitkan dalam jangka waktu 5 tahun. Putusan ini menegaskan bahwa keabsahan formal sebuah ketetapan pajak adalah prasyarat absolut yang harus dipenuhi oleh otoritas pajak.
Inti konflik dalam perkara ini berpusat pada apakah DJP masih berhak secara hukum untuk menerbitkan SKPKB kepada PT JMI. Pemohon Banding secara strategis menggeser fokus dari sengketa materiil (koreksi PPN Masukan) ke sengketa formal, dengan mendalilkan bahwa hak DJP untuk melakukan penetapan telah hangus atau batal demi hukum. DJP, sebagai Terbanding, berargumen bahwa penetapan yang dilakukan masih berada dalam koridor Pasal 13 UU KUP, dan secara substansi koreksi PPN Masukan adalah benar. Argumentasi ini berlandaskan pada hak otoritas pajak untuk memastikan kepatuhan Wajib Pajak, namun harus tunduk pada batasan waktu.
Resolusi yang disampaikan Majelis Hakim Pengadilan Pajak menjadi preseden kuat. Majelis secara tegas menyatakan bahwa ketentuan daluwarsa penetapan adalah fundamental bagi kepastian hukum Wajib Pajak. Ketika hak DJP untuk menerbitkan ketetapan terbukti telah gugur—baik karena telah melampaui batas 5 tahun maupun karena pelanggaran ketentuan waktu pemrosesan SPT Lebih Bayar (Pasal 17B UU KUP) yang berimplikasi pada hilangnya hak menerbitkan SKPKB—maka produk hukum yang dihasilkan (SKPKB) harus dinyatakan batal demi hukum dan tidak memiliki kekuatan mengikat.
Analisis putusan ini membawa dampak signifikan bagi strategi litigasi Wajib Pajak. Putusan ini menggarisbawahi pentingnya pengawasan terhadap proses administrasi perpajakan yang dilakukan oleh DJP. Jika Wajib Pajak menemukan adanya pelanggaran formal terkait jangka waktu penetapan, ini dapat dijadikan senjata utama untuk membatalkan seluruh ketetapan, terlepas dari kebenaran materiil sengketa yang ada. Implikasinya adalah, kemenangan formal dapat menjadi jalur yang lebih pasti dan efisien dalam menyelesaikan sengketa pajak dibandingkan dengan pembuktian materiil yang rumit.
Kesimpulannya, Putusan PUT-004005.16/2024/PP/M.XIIIB Tahun 2025 memberikan penekanan yang jelas bahwa kepastian hukum bagi Wajib Pajak dijamin melalui kepatuhan DJP terhadap batas waktu penerbitan ketetapan. Wajib Pajak dianjurkan untuk selalu melakukan pemeriksaan menyeluruh terhadap aspek formal setiap SKPKB yang diterima sebelum memasuki tahap pembahasan materiil.