Dalam konteks sengketa Pajak Pertambahan Nilai (PPN) atas Pemanfaatan Jasa Kena Pajak dari Luar Daerah Pabean (JKP-JLDP), penegasan formalitas waktu penyetoran PPN-nya kerap kali menjadi batu sandungan bagi Wajib Pajak. Berdasarkan Undang-Undang PPN, PPN atas JKP-JLDP wajib dipungut sendiri dan disetor oleh penerima jasa, di mana penyetoran tersebut menjadi prasyarat untuk pengkreditan sebagai Pajak Masukan. Studi kasus Putusan Nomor PUT-004003.16/2024/PP/M.XIIIB Tahun 2025 yang melibatkan PT JMI menunjukkan dinamika konflik antara formalitas kewajiban perpajakan dengan substansi pemenuhan kewajiban.
Inti konflik sengketa berpusat pada koreksi Pajak Masukan sebesar Rp406.979.034,00 yang dilakukan Terbanding (DJP). Koreksi ini dipicu oleh fakta bahwa PPN JKP-JLDP yang berasal dari transaksi sewa menyewa kapal belum disetor oleh Pemohon Banding saat pemeriksaan dan penerbitan Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB). Terbanding bersikukuh bahwa keterlambatan penyetoran ini secara otomatis menggugurkan hak Pemohon Banding untuk mengkreditkan PPN tersebut, merujuk pada ketentuan formal Pasal 9 ayat (8) huruf b Undang-Undang PPN. Argumentasi Terbanding menekankan pada penegakan saat terutangnya PPN dan konsekuensi formal jika prasyarat tersebut tidak dipenuhi.
Di sisi lain, Pemohon Banding melakukan perlawanan dengan mengajukan bukti Surat Setoran Pajak (SSP) yang menunjukkan bahwa PPN JKP-JLDP yang menjadi objek sengketa telah dibayar dan disetor, meskipun penyetoran tersebut dilakukan setelah SKPKB diterbitkan. Pemohon Banding berargumen bahwa penekanan seharusnya berada pada substansi telah terbayarnya PPN. Dengan telah dipenuhinya kewajiban PPN Keluaran (JLDP) melalui penyetoran, hak Pemohon Banding untuk membebankannya sebagai Pajak Masukan tidak boleh dihilangkan.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak hadir sebagai resolusi dengan mempertimbangkan prinsip keadilan dan substansi. Setelah menerima dan memverifikasi bukti penyetoran dari Pemohon Banding, Majelis berpendapat bahwa secara substansi PPN terutang telah diselesaikan. Konsekuensinya, Majelis Hakim membatalkan koreksi pokok PPN Kurang Bayar sebesar Rp406.979.034,00, sehingga PPN Kurang Bayar menjadi nihil. Namun demikian, Majelis memutuskan untuk Kabul Sebagian. Pembatalan pokok pajak tidak serta merta membatalkan sanksi administrasi. Karena terbukti adanya keterlambatan penyetoran PPN JLDP yang dipungut sendiri, sanksi administrasi berupa bunga atas keterlambatan tersebut tetap dipertahankan sesuai dengan ketentuan perundang-undangan perpajakan yang berlaku.
Implikasi Putusan ini sangat penting bagi Wajib Pajak yang melakukan transaksi Jasa Luar Negeri. Putusan ini memberikan sinyal bahwa Pengadilan Pajak masih memberikan ruang pertimbangan substansi atas formalitas, di mana PPN yang telah disetor, meskipun terlambat, dapat diakui sebagai Pajak Masukan. Namun, dampaknya adalah sanksi administrasi berupa bunga tetap menjadi konsekuensi yang tidak terhindarkan dari keterlambatan tersebut. Oleh karena itu, strategi Wajib Pajak yang paling optimal tetaplah pada kepatuhan penyetoran PPN JKP-JLDP tepat waktu untuk menghindari sanksi dan potensi sengketa.