Sengketa pengkreditan Pajak Masukan sering kali menjadi batu sandungan bagi Wajib Pajak ketika berhadapan dengan hasil konfirmasi faktur pajak yang menyatakan "Tidak Ada". Dalam kasus Koperasi Induk Pegawai PT P, Terbanding melakukan koreksi sebesar Rp109.328.878,00 atas perolehan barang dari PT PTE. Alasan utamanya adalah jawaban konfirmasi dari KPP terkait yang menyatakan faktur tersebut tidak dilaporkan oleh vendor, serta adanya perbedaan nilai antara Faktur Pajak dengan Invoice yang diterbitkan.
Inti konflik terletak pada pertentangan antara kebenaran formal dan material. Terbanding bersikukuh bahwa berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-754/PJ./2001, jika jawaban konfirmasi menyatakan "Tidak Ada", maka Pajak Masukan tidak dapat dikreditkan kecuali Wajib Pajak dapat membuktikan arus uang dan barang secara nyata. Di sisi lain, Pemohon Banding memberikan argumentasi bahwa transaksi tersebut adalah riil. Selisih nilai yang dipermasalahkan Terbanding sebenarnya merupakan konsekuensi dari pemungutan PPh Pasal 22, di mana nilai dalam Faktur Pajak mencakup nilai bruto sebelum pemotongan pajak tersebut.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menunjukkan sikap yang progresif dengan mengutamakan substansi ekonomi. Majelis berpendapat bahwa ketidaksesuaian antara Invoice dan Faktur Pajak dapat dimaklumi karena adanya mekanisme pemotongan PPh Pasal 22. Lebih lanjut, Majelis menilai bahwa selama Pemohon Banding dapat membuktikan bahwa Pajak Pertambahan Nilai (PPN) tersebut telah benar-benar dibayarkan kepada penjual dan barang telah diterima, maka hak pengkreditan tidak boleh gugur hanya karena kelalaian administrasi pihak ketiga (vendor) dalam melaporkan PPN tersebut.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa pembeli tidak secara otomatis memikul tanggung jawab renteng atas kelalaian penjual, selama bukti pendukung transaksi seperti arus uang dan arus barang dapat disajikan secara meyakinkan di persidangan. Hal ini menjadi preseden penting bahwa substansi material tetap menjadi panglima dalam sengketa PPN, melampaui hambatan administratif konfirmasi yang sering kali bersifat sepihak.
Koreksi Terbanding atas vendor ini dibatalkan oleh Majelis Hakim karena Pemohon Banding berhasil membuktikan eksistensi transaksi dan pembayaran PPN secara material, sehingga hak pengkreditan Pajak Masukan tetap sah secara hukum.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini