Sengketa Pemanfaatan BKP Tidak Berwujud dari luar daerah pabean seringkali berpusat pada pembuktian substansi ekonomi dan manfaat nyata bagi Wajib Pajak dalam negeri, sebagaimana diatur dalam Pasal 4 ayat (1) huruf d UU PPN. Dalam kasus PT E (dahulu PT FI), Terbanding melakukan koreksi negatif atas DPP PPN Masa Pajak April 2012 senilai Rp2.442.084.220,00 dengan dalih bahwa pembayaran royalti kepada entitas afiliasi di Inggris tidak memiliki manfaat ekonomi lantaran teknologi paten dianggap sudah tua dan tidak mengalami pemutakhiran. Terbanding juga mempermasalahkan aspek formalitas dokumen pendukung yang tidak dilegalisasi serta kesalahan administratif pada kode akun pajak di surat setoran.
Inti konflik ini terletak pada interpretasi existence test dan benefit test atas pemanfaatan kekayaan intelektual (IP). Terbanding berargumen bahwa tanpa adanya bukti penyerahan jasa atau pemutakhiran teknologi, biaya royalti tersebut tidak dapat diakui sebagai pengurang penghasilan maupun objek PPN yang sah. Di sisi lain, PT E menegaskan bahwa penggunaan merek "F" dan know-how produksi filter rokok adalah komponen krusial yang memberikan nilai tambah (added value) bagi perusahaan untuk bersaing di pasar global. PT E berpendapat bahwa selama paten masih terdaftar secara hukum dan memberikan keuntungan ekonomi bagi operasional perusahaan, maka pembayaran royalti adalah sah secara bisnis dan regulasi.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menolak argumentasi Terbanding dengan merujuk pada UU Paten yang menyatakan bahwa perlindungan paten tetap berlaku selama jangka waktu yang ditetapkan (hingga 2025). Majelis menemukan fakta bahwa mesin-mesin produksi yang digunakan PT E di pabrik secara fisik memang memanfaatkan teknologi yang dilisensikan. Selain itu, Majelis menegaskan bahwa kesalahan administratif seperti kesalahan kode MAP pada SSP tidak serta merta membatalkan hak substantif Wajib Pajak, sepanjang pembayaran pajak telah masuk ke kas negara. Putusan ini menggarisbawahi pentingnya melihat substansi ekonomi di atas formalitas administratif (substance over form).
Implikasi dari putusan ini memberikan kepastian hukum bagi Wajib Pajak yang melakukan transaksi afiliasi berupa lisensi IP. Kunci kemenangan dalam sengketa ini adalah kemampuan Wajib Pajak dalam mendemonstrasikan hubungan langsung antara penggunaan IP dengan kelangsungan operasional dan profitabilitas perusahaan. Kesimpulan utamanya adalah bahwa usia sebuah paten tidak secara otomatis menghilangkan manfaat ekonomisnya, asalkan teknologi tersebut masih relevan dan digunakan dalam proses produksi nyata.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini