Sengketa ini bermula dari diterbitkannya Surat Ketetapan Pajak Kurang Bayar (SKPKB) Pajak Penghasilan kepada CV PM yang mencantumkan sanksi administrasi bunga Pasal 13 ayat (2) UU KUP sebesar Rp735.567.072,00. Akar permasalahannya terletak pada koreksi peredaran usaha oleh pemeriksa pajak, yang diklaim oleh Wajib Pajak sebagai kesalahan klasifikasi insentif pendapatan yang seharusnya bukan merupakan objek PPh Badan pada pos peredaran usaha utama. Ketidakpahaman prosedural menyebabkan upaya keberatan formal kandas, sehingga Wajib Pajak menempuh jalur permohonan penghapusan sanksi administrasi berdasarkan Pasal 36 ayat (1) huruf a UU KUP, yang kemudian berlanjut ke tahap Gugatan di Pengadilan Pajak.
Inti konflik hukum ini berpusat pada interpretasi "kekhilafan Wajib Pajak atau bukan karena kesalahannya". Pihak CV PM berargumen bahwa perbedaan prinsip akuntansi antara pemeriksa dan perusahaan merupakan bentuk kekhilafan yang tidak disengaja. Namun, Direktorat Jenderal Pajak (DJP) tetap pada pendiriannya bahwa sanksi tersebut adalah konsekuensi yuridis otomatis (legal consequence) atas pokok pajak yang kurang dibayar berdasarkan hasil pemeriksaan yang telah mempunyai kekuatan hukum tetap karena tidak diajukannya keberatan materiil secara tepat waktu.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya memberikan resolusi yang tegas. Majelis berpendapat bahwa pengenaan sanksi administrasi merupakan bagian tak terpisahkan dari penegakan kepatuhan materiil. Karena pokok pajak dalam SKPKB tetap dipertahankan (tidak dibatalkan melalui jalur keberatan atau banding), maka sanksi bunga yang menyertainya secara hukum dianggap valid. Majelis tidak melihat adanya unsur "kekhilafan" yang luar biasa yang dapat menggugurkan kewajiban sanksi tersebut, sehingga memutuskan untuk menolak gugatan Penggugat.
Implikasi dari putusan ini sangat signifikan bagi Wajib Pajak lainnya. Putusan ini menegaskan bahwa Pasal 36 UU KUP bukanlah "pintu belakang" untuk menguji materi sengketa yang gagal diperjuangkan di jalur keberatan. Strategi litigasi yang mengandalkan aspek administratif tanpa didukung pembuktian kekhilafan yang konkret seringkali berujung pada kegagalan. Kesimpulannya, ketelitian dalam proses pemeriksaan awal dan penguasaan prosedur formal keberatan jauh lebih krusial daripada mengharapkan diskresi penghapusan sanksi di kemudian hari.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini