Kepastian hukum dalam pemungutan Pajak Pertambahan Nilai (PPN) mensyaratkan adanya penyerahan barang atau jasa kena pajak yang didukung bukti otentik. Sengketa antara PT MMS melawan Direktur Jenderal Pajak (DJP) menyoroti polemik koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) yang hanya bersandar pada data pihak ketiga (lawan transaksi) tanpa pembuktian arus barang dan uang yang valid. Majelis Hakim memberikan batasan tegas: data sistem informasi perpajakan tidak serta-merta menegasikan fakta ketiadaan transaksi riil di lapangan.
Sengketa ini berakar dari langkah Terbanding yang melakukan ekualisasi data dan menemukan adanya Bukti Potong PPh Pasal 23 serta Faktur Pajak Masukan yang diterbitkan oleh PT Indosat Tbk atas nama Pemohon Banding. Terbanding berargumen bahwa keberadaan dokumen tersebut dalam sistem merupakan bukti adanya penghasilan dan penyerahan yang belum dilaporkan. Sebaliknya, Pemohon Banding menegaskan bahwa mereka tidak pernah memberikan jasa atau menerbitkan invoice kepada pihak tersebut. Transaksi tersebut diklaim sebagai tindakan sepihak oleh lawan transaksi, yang diperkuat dengan ketiadaan aliran dana masuk ke rekening bank Pemohon Banding.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangannya mengambil posisi moderat namun prinsipil. Terhadap koreksi yang bersumber dari Bukti Potong PPh 23, Majelis mempertahankan koreksi karena adanya konfirmasi positif dari lawan transaksi dan konsistensi dengan putusan sengketa PPh Badan sebelumnya. Namun, pada pos koreksi Faktur Pajak Masukan senilai Rp685.421.967, Majelis membatalkan koreksi tersebut. Dasar utamanya adalah kegagalan Terbanding dalam membuktikan adanya "Arus Barang" dan "Arus Uang". Dalam rezim PPN, keberadaan faktur pajak tanpa adanya bukti transaksi fisik dan finansial tidak dapat dijadikan dasar untuk menetapkan pajak terutang.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa Wajib Pajak memiliki perlindungan hukum terhadap kesalahan administratif atau tindakan sepihak dari lawan transaksi. Kemenangan sebagian PT MMS memberikan pelajaran berharga: dokumentasi internal yang rapi (rekening koran dan buku besar) merupakan alat bukti krusial untuk mematahkan asumsi pemeriksa yang hanya berpijak pada data eksternal (data matching). Putusan ini memperkuat yurisprudensi bahwa pengujian materiil melalui arus uang adalah "standard of proof" tertinggi dalam sengketa ekualisasi omzet.