PT NSI menghadapi sengketa signifikan saat Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melakukan rekarakterisasi atas pembayaran komisi pemasaran kepada pihak afiliasi di Jepang menjadi pembagian dividen. Koreksi ini berdampak langsung pada penolakan pengkreditan Pajak Masukan atas Pemanfaatan Jasa Kena Pajak dari Luar Negeri (PPN PJLN) Masa Pajak November 2020. DJP berargumen bahwa transaksi tersebut tidak memenuhi Prinsip Kewajaran dan Kelaziman Usaha (PKKU) sesuai PMK 22/PMK.03/2020, dengan alasan tidak adanya manfaat ekonomi yang nyata (substance test) dan menganggap jasa tersebut merupakan duplikasi dari aktivitas internal perusahaan.
Inti konflik terletak pada penerapan ambang batas pengujian transaksi afiliasi dalam ranah PPN. DJP menitikberatkan pada "Passive Association" dan ketiadaan bukti penyerahan jasa yang spesifik, sehingga menyimpulkan pembayaran tersebut hanyalah mekanisme pengalihan laba (dividen terselubung) yang bukan merupakan objek PPN. Sebaliknya, PT NSI menegaskan bahwa sebagai perusahaan manufaktur tanpa divisi pemasaran, peran afiliasi sangat krusial dalam mengamankan kontrak dengan pembeli utama di Jepang. Perusahaan telah memenuhi kewajiban formal dengan menyetorkan PPN PJLN melalui SSP, sehingga hak pengkreditan Pajak Masukan seharusnya tetap terjaga sesuai Pasal 9 ayat (2) UU PPN.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan resolusi yang mencerahkan dengan menyatakan bahwa pengujian PKKU yang kaku berdasarkan PMK 22/PMK.03/2020 lebih tepat ditujukan untuk sengketa Pajak Penghasilan (PPh). Dalam konteks PPN, sepanjang pembayaran telah dilakukan, SSP telah divalidasi, dan terdapat bukti perjanjian serta korespondensi yang menunjukkan adanya aktivitas jasa, maka hak Wajib Pajak untuk mengkreditkan Pajak Masukan tidak dapat digugurkan begitu saja melalui rekarakterisasi sepihak. Majelis merujuk pada putusan sengketa PPh Badan terkait yang telah memenangkan Wajib Pajak, sehingga secara otomatis substansi penyerahan jasa dianggap ada dan sah secara hukum.
Implikasi dari putusan ini menegaskan bahwa Wajib Pajak harus memiliki dokumentasi yang kuat, tidak hanya kontrak (Agreement), tetapi juga bukti nyata korespondensi operasional (logbook, email, laporan bulanan) untuk membuktikan eksistensi jasa intra-grup. Kemenangan PT NSI menjadi preseden penting bahwa koreksi transfer pricing pada PPh tidak serta-merta dapat membatalkan keabsahan Pajak Masukan PPN jika syarat formal dan material penyetoran PPN PJLN telah terpenuhi. Kesimpulannya, sinergi antara pembuktian aspek komersial dan pemenuhan kewajiban administratif adalah kunci utama dalam memenangkan sengketa litigasi perpajakan atas transaksi afiliasi.