Sengketa pengkreditan Pajak Masukan seringkali terjebak pada formalitas administratif yang kaku, namun putusan ini menegaskan bahwa substansi pembayaran pajak harus diutamakan. PT PICI berhasil memulihkan haknya atas Pajak Masukan sebesar Rp111.275.983 yang sebelumnya dikoreksi karena penggunaan kode transaksi faktur pajak yang tidak tepat.
Inti konflik bermula ketika Terbanding melakukan koreksi karena PT PICI, sebagai Pengusaha Di Kawasan Berikat (PDKB), menerima Faktur Pajak dengan kode "01" (PPN Dipungut) dari pemasoknya, padahal seharusnya menggunakan kode "07" (PPN Tidak Dipungut). Terbanding berargumen bahwa ketidaksesuaian kode ini membuat faktur pajak menjadi tidak lengkap secara formal sesuai PER-03/PJ/2022, sehingga tidak dapat dikreditkan. Sebaliknya, PT PICI menegaskan bahwa PPN tersebut telah nyata-nyata dibayar kepada pemasok dan telah disetorkan ke kas negara, sehingga penghilangan hak kredit merupakan bentuk ketidakadilan substansial.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya mengambil terobosan hukum yang progresif dengan merujuk pada Pasal 31 ayat (1) huruf c PP 49 Tahun 2022. Hakim berpendapat bahwa selama PPN tersebut terlanjur dipungut dan dibayar, serta pihak penjual telah melaporkannya sebagai Pajak Keluaran, maka hak pengkreditan bagi pembeli tetap sah. Tidak ada kerugian pada pendapatan negara karena pajak tersebut telah masuk ke kas negara. Resolusi ini mengedepankan asas substance over form dalam hukum perpajakan Indonesia.
Implikasi dari putusan ini memberikan kepastian hukum bagi Wajib Pajak di kawasan fasilitas bahwa kesalahan administratif pada kode faktur tidak serta merta menghapuskan hak pengkreditan sepanjang bukti pembayaran dan pelaporan oleh lawan transaksi dapat dibuktikan. Kasus ini menjadi preseden penting bahwa regulasi setingkat Peraturan Pemerintah (PP 49/2022) memberikan perlindungan terhadap hak-hak prosedural yang terhambat oleh aturan teknis di bawahnya.
Kesimpulannya, penguatan dokumentasi arus uang dan arus barang tetap menjadi kunci utama dalam memenangkan sengketa pajak yang bersifat administratif-formal.