Otoritas pajak seringkali menggunakan metode uji arus uang untuk memicu koreksi DPP PPN secara jabatan, namun Putusan Pengadilan Pajak Nomor PUT-002047.16/2021/PP/M.XA menegaskan bahwa substansi ekonomi harus mengungguli formalitas administratif dalam sengketa perpajakan. Sengketa ini berakar pada koreksi positif Terbanding atas DPP Penyerahan PPN Masa Pajak Agustus 2017 sebesar Rp98.551.945 yang ditarik dari hasil pemeriksaan PPh Badan melalui teknik uji arus piutang dan uang. Terbanding mendalilkan adanya penghasilan luar usaha yang belum dilaporkan sebagai objek PPN, sementara Wajib Pajak berargumen bahwa saldo tersebut merupakan penggantian (reimbursement) atas kegagalan teknis sistem e-Faktur.
Konflik inti berfokus pada penolakan Terbanding terhadap bukti nota retur yang diajukan oleh PT LVI. Terbanding menilai nota retur tersebut tidak valid karena tidak mencantumkan referensi Faktur Pajak awal dan dianggap hanya sebagai data sampling. Sebaliknya, PT LVI menjelaskan secara rinci bahwa ketidakmampuan mencantumkan referensi faktur disebabkan oleh anomali sistem e-Faktur ("Faktur Pajak Tidak Ditemukan") pasca migrasi data, yang mengakibatkan Pajak Keluaran tidak dapat dikurangi secara sistemik. Sebagai solusinya, pelanggan memberikan kompensasi tunai atas PPN yang telah dibayarkan namun tidak dapat diretur, sehingga uang masuk tersebut bukanlah tambahan kemampuan ekonomis dari penyerahan barang baru.
Majelis Hakim memberikan resolusi dengan mempertimbangkan kesaksian dari pihak Account Representative (AR) yang mengakui adanya kendala teknis pada sistem Direktorat Jenderal Pajak di periode tersebut. Majelis menekankan bahwa berdasarkan Pasal 12 ayat (3) UU KUP, Terbanding wajib memiliki bukti kuat dan konkret untuk menetapkan pajak secara jabatan, bukan sekadar asumsi dari selisih arus uang. Dengan mengacu pada asas substance over form, Majelis berpendapat bahwa uang masuk tersebut benar-benar merupakan penggantian kerugian akibat kendala sistem, sehingga tidak memenuhi definisi penyerahan Barang Kena Pajak atau Jasa Kena Pajak yang terutang PPN.
Implikasi dari putusan ini memberikan perlindungan hukum bagi Wajib Pajak yang menghadapi kendala sistemik di luar kendali mereka. Putusan ini menegaskan bahwa kegagalan administratif dalam memenuhi format formal Faktur Pajak atau Nota Retur tidak serta merta menghilangkan hak substansial Wajib Pajak jika bukti pendukung lainnya dapat membuktikan ketiadaan objek pajak. Selain itu, penggunaan metode prorata 12 bulan oleh Terbanding dalam mengoreksi PPN masa dianggap tidak tepat karena menyalahi prinsip saat terutangnya pajak yang bersifat real time per masa pajak.
Kesimpulannya, kemenangan PT LVI menunjukkan pentingnya dokumentasi kronologis atas kendala teknis sistem perpajakan dan keberanian untuk mengedepankan pembuktian substansial di persidangan. Wajib Pajak disarankan untuk selalu mendokumentasikan komunikasi dengan pihak otoritas terkait anomali sistem guna memperkuat posisi hukum di kemudian hari.