Sengketa ini bermula ketika Terbanding melakukan koreksi positif atas Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Masa Pajak September 2017 sebesar Rp8.925.000.000,00 pada PT Grahadura Leidongprima (PT GL) melalui mekanisme pengujian arus uang masuk. Terbanding berdalih bahwa aliran dana pada rekening koran perusahaan merupakan peredaran usaha atau penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) yang belum dilaporkan dalam SPT Masa PPN, mengingat Wajib Pajak dianggap tidak mampu menyajikan dokumen sumber yang sinkron dan meyakinkan untuk membuktikan bahwa dana tersebut adalah pinjaman dari pihak afiliasi.
Inti konflik hukum ini terletak pada interpretasi atas bukti transaksi keuangan versus asumsi fiskus. Terbanding menggunakan kewenangan dalam Pasal 13 ayat (1) UU KUP untuk menetapkan pajak secara jabatan berdasarkan temuan rekening koran yang tidak tercatat sebagai utang secara formal dalam kacamata pemeriksa. Di sisi lain, PT GL memberikan bantahan keras dengan menyatakan bahwa dana tersebut murni merupakan intercompany loan untuk operasional perusahaan dari PT Sumbertama Nusa Pertiwi dan PT Bakrie Sumatera Plantations Tbk. PT GL memperkuat argumentasinya dengan menyerahkan bukti ledger, rekening koran, serta surat pemberitahuan pembayaran utang yang menunjukkan bahwa transaksi tersebut tidak mengandung unsur penyerahan barang atau jasa yang menjadi objek PPN sesuai Pasal 4 ayat (1) UU PPN.
Majelis Hakim memberikan pendapat hukum yang krusial dengan melihat keterkaitan sengketa ini sebagai dampak flow-through dari koreksi PPh Badan. Dalam pemeriksaan sengketa PPh Badan pada tahun pajak yang sama, Majelis Hakim telah memutuskan bahwa arus uang tersebut terbukti merupakan transaksi pinjam-meminjam, bukan penjualan. Karena Majelis telah membatalkan koreksi Peredaran Usaha pada PPh Badan, maka secara hukum koreksi DPP PPN atas objek yang sama tidak lagi memiliki dasar pijakan yang sah. Majelis menekankan bahwa tidak adil dan tidak konsisten apabila suatu aliran uang yang sudah dinyatakan bukan objek PPh Badan tetap dianggap sebagai objek PPN.
Kesimpulannya, Majelis Hakim mengabulkan seluruh permohonan banding PT GL dan membatalkan koreksi Terbanding. Putusan ini menegaskan pentingnya konsistensi dalam putusan hakim atas sengketa yang bersifat derivatif. Bagi Wajib Pajak, kasus ini memberikan pelajaran berharga bahwa dokumentasi perjanjian pinjaman afiliasi, meskipun sering dianggap internal, harus dikelola dengan sangat rapi dan sinkron antara arus uang di bank dengan pencatatan di buku besar untuk menghadapi pengujian arus uang oleh otoritas pajak.