Sengketa pemusatan Pajak Pertambahan Nilai (PPN) sering kali terjebak dalam formalitas administrasi yang mengabaikan realitas teknis wajib pajak. Kasus PT AAA menjadi preseden penting mengenai bagaimana masa transisi dari desentralisasi ke sentralisasi PPN harus disikapi secara adil. Inti konflik bermula ketika Direktorat Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi signifikan terhadap Pajak Masukan dan pembayaran PPN PT AAA cabang Klungkung untuk periode awal November 2015 sebesar Rp1,1 miliar. DJP berargumen bahwa sejak keputusan pemusatan diterbitkan pada akhir Oktober 2015, seluruh hak kredit pajak di tingkat cabang otomatis gugur dan harus dialihkan ke kantor pusat.
Namun, fakta di lapangan menunjukkan adanya hambatan praktis. PT AAA baru menerima fisik surat keputusan pemusatan pada awal November, sementara transisi sistem SAP perusahaan memerlukan waktu beberapa hari untuk penyesuaian. Pemohon Banding menegaskan bahwa selama status PKP cabang belum dicabut dan sistem pelaporan masih diterima oleh Kantor Pelayanan Pajak (KPP) setempat, hak pengkreditan berdasarkan Pasal 9 UU PPN tetap melekat.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan putusan yang progresif dengan melihat substansi ekonomi di atas formalitas. Majelis menyoroti ketidakkonsistenan otoritas pajak: DJP menerima pembayaran Pajak Keluaran dari cabang tetapi menolak Pajak Masukannya di masa yang sama. Lebih jauh, persetujuan pemindahbukuan (Pbk) atas saldo lebih bayar tersebut oleh DJP dianggap sebagai pengakuan hukum bahwa saldo tersebut valid. Putusan ini menegaskan bahwa kendala teknis sistem akuntansi dan keterlambatan administrasi pengiriman surat oleh otoritas pajak tidak boleh menghilangkan hak substantif wajib pajak dalam mengkreditkan pajak masukan.