Direktorat Jenderal Pajak seringkali menerapkan standar kepatuhan administrasi yang kaku dalam memberikan fasilitas pajak, sebagaimana terlihat dalam sengketa PPN Impor yang melibatkan PT SI, sebuah perusahaan Pengusaha di Gudang Berikat (PDGB). Konflik inti bermula ketika otoritas pajak menagih PPN Impor yang seharusnya tidak dipungut, hanya karena PT SI menyerahkan barang kepada pelanggan yang belum terdaftar secara resmi dalam lampiran izin Gudang Berikat (DPTDB). Otoritas pajak berargumen bahwa pelanggaran prosedur administratif ini secara otomatis membatalkan hak atas fasilitas pajak berdasarkan PMK 143/2011.
Namun, dalam persidangan terungkap bahwa secara substansi, PT SI telah memenuhi seluruh kewajiban materiil, di mana arus barang dari pelabuhan menuju Gudang Berikat dan berakhir di Kawasan Berikat dapat dibuktikan dengan dokumen kepabeanan yang sah. Majelis Hakim menegaskan bahwa ketiadaan nama dalam DPTDB adalah ranah sanksi administratif kepabeanan, bukan instrumen pembatalan fasilitas perpajakan. Putusan ini memperkuat prinsip bahwa kebenaran materiil harus diutamakan di atas formalitas administratif yang tidak memiliki dasar hukum pembatalan secara eksplisit. Implikasinya, Wajib Pajak mendapatkan perlindungan hukum dari penagihan pajak yang bersifat sewenang-wenang akibat kendala prosedur yang minor.