Otoritas pajak seringkali menetapkan koreksi persediaan awal secara otomatis hanya dengan membandingkan saldo akhir tahun sebelumnya tanpa melakukan pengujian substantif terhadap arus barang yang sebenarnya. Dalam perkara PT CI, Majelis Hakim menegaskan bahwa kebenaran materiil berdasarkan pembukuan yang sah dan audit independen harus mengungguli kesalahan formalitas pelaporan dalam SPT. Konflik utama muncul ketika Terbanding bersikukuh pada angka fiskal tahun sebelumnya (inkracht) yang hanya mencatat barang jadi, sementara Pemohon Banding membuktikan keberadaan bahan baku yang secara fisik masih tersedia namun salah diklasifikasikan sebagai pembelian di tahun sebelumnya.
Resolusi sengketa ini memberikan perlindungan bagi Wajib Pajak yang menggunakan sistem akuntansi terintegrasi seperti SAP, di mana setiap mutasi barang terdokumentasi secara presisi. Majelis Hakim menolak argumen double deduction Terbanding karena terbukti secara matematis bahwa total biaya dalam HPP tidak mengalami penggelembungan. Putusan ini menjadi preseden penting bahwa ketidakkonsistenan pelaporan administratif dalam SPT tidak secara otomatis menghilangkan validitas biaya fiskal sepanjang Wajib Pajak mampu membuktikan arus fisik barang dan kesesuaian nilai perolehannya sesuai prinsip akuntansi yang berlaku umum di Indonesia.