Sengketa pemanfaatan Jasa Kena Pajak dari Luar Daerah Pabean seringkali muncul akibat perbedaan persepsi mengenai entitas yang sebenarnya memanfaatkan jasa tersebut. Dalam kasus PT AN, Direktorat Jenderal Pajak (DJP) menetapkan kurang bayar PPN PJLN atas biaya manajemen dan royalti yang dialokasikan dari entitas afiliasi dalam negeri. DJP berpegang pada prinsip bahwa setiap entitas hukum yang menikmati jasa luar negeri wajib menyetor PPN secara mandiri, meskipun biaya tersebut merupakan bagian dari operasional bersama.
Inti konflik terletak pada interpretasi apakah penagihan ulang (reimbursement) alokasi biaya merupakan objek PPN PJLN baru bagi pihak penerima alokasi. Pemohon Banding berargumen bahwa mereka tidak bertransaksi langsung dengan vendor luar negeri, melainkan hanya membayar bagian beban kepada PT BGK yang telah melunasi seluruh kewajiban PPN PJLN ke kas negara. Penambahan beban pajak oleh DJP dinilai sebagai pengenaan pajak berganda atas objek yang sama.
Majelis Hakim memberikan resolusi dengan mengedepankan prinsip substansi ekonomi di atas bentuk formal. Hakim menilai bahwa karena PPN PJLN sudah dibayarkan secara penuh oleh pihak yang membayar pertama kali dan bukti menunjukkan tidak ada transaksi langsung antara Pemohon Banding dengan pihak luar negeri, maka koreksi DJP tidak memiliki dasar hukum yang kuat. Putusan ini menegaskan bahwa mekanisme sharing cost antar perusahaan dalam negeri atas jasa luar negeri tidak otomatis menimbulkan kewajiban PPN PJLN ganda, selama pajak terutangnya telah diterima oleh negara secara utuh.