Sengketa pajak penghasilan badan sering kali dipicu oleh perbedaan interpretasi antara data sistem akuntansi dengan realitas fisik di lapangan. Dalam kasus PT JACBFI, Terbanding melakukan koreksi omzet masif hanya berdasarkan temuan saldo persediaan negatif pada buku besar perusahaan yang menggunakan sistem perpetual. Terbanding menerapkan asumsi bahwa setiap saldo negatif otomatis merepresentasikan penjualan bawah tangan yang tidak dilaporkan dalam SPT, mengacu pada kewajiban pembukuan yang taat asas sebagaimana diatur dalam Pasal 28 UU KUP.
Inti konflik terletak pada ketidakmampuan sistem TI perusahaan untuk melakukan penyesuaian otomatis terhadap mutasi barang, sehingga secara administratif muncul saldo minus meskipun secara fisik barang masih tersedia. Pemohon Banding memberikan perlawanan dengan mengajukan bukti audit akuntan publik dan hasil stock opname manual. Pemohon menegaskan bahwa hukum pajak harus mengutamakan substansi ekonomi di atas formalitas pencatatan sistem yang belum sempurna, selama data tersebut dapat diverifikasi melalui uji arus piutang dan arus uang.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan resolusi dengan membatalkan koreksi Terbanding. Hakim berpendapat bahwa temuan administratif pada buku besar tidak boleh dijadikan dasar tunggal koreksi tanpa adanya bukti pendukung lain seperti arus uang masuk yang tidak dilaporkan. Majelis menekankan bahwa laporan keuangan yang telah diaudit memiliki derajat kepercayaan hukum yang tinggi. Putusan ini memberikan implikasi penting bagi Wajib Pajak untuk senantiasa melakukan rekonsiliasi antara data sistem dengan data fisik secara berkala guna mencegah sengketa yang bersifat administratif namun berdampak fiskal besar.