Dunia perpajakan Indonesia kembali dihadapkan pada dilema antara kepatuhan formal dan keadilan substantif dalam kasus penyerahan barang/jasa melalui skema Kerjasama Operasi atau Joint Operation (KSO). Inti konflik ini bermula ketika PT DR melaporkan penyerahan kepada PT P menggunakan kode faktur 030 (Pemungut), namun otoritas pajak (DJP) melakukan koreksi dengan mereklasifikasi transaksi tersebut sebagai penyerahan kepada KSO yang seharusnya menggunakan kode faktur 010. DJP berargumen bahwa karena kontrak ditandatangani atas nama KSO, maka secara regulasi KSO adalah subjek pajak yang melakukan penyerahan, sehingga anggota KSO wajib menerbitkan faktur ke entitas KSO terlebih dahulu.
Namun, PT DR memberikan bantahan kuat bahwa KSO tersebut hanyalah bersifat non-administratif atau alat koordinasi semata. Secara faktual, seluruh sumber daya, penagihan, hingga penerimaan pembayaran dilakukan langsung oleh anggota masing-masing. Yang paling krusial, PT P telah memungut PPN tersebut dan menyetorkannya ke kas negara dengan SSP yang mencantumkan NPWP PT DR. Majelis Hakim dalam resolusinya mengakui adanya ketidakpatuhan formal, namun secara tajam menyoroti bahwa negara tidak dirugikan karena pajak telah masuk ke kas negara. Mengharuskan PT DR membayar kembali PPN yang sama (double taxation) sementara hak untuk mengklaim kembali pajak yang salah setor telah kadaluwarsa (melewati 5 tahun) dianggap sebagai tindakan yang mencederai rasa keadilan.
Analisis atas putusan ini menunjukkan bahwa Majelis Hakim Pengadilan Pajak mulai konsisten menerapkan prinsip substance over form. Implikasinya bagi Wajib Pajak adalah pentingnya penyelarasan antara dokumen kontrak dengan pelaksanaan administrasi faktur pajak sejak awal proyek KSO dimulai. Kesimpulannya, meskipun kemenangan berada di pihak Wajib Pajak, sengketa panjang ini sebenarnya dapat dihindari melalui pemetaan aspek perpajakan yang matang dalam struktur perjanjian kerjasama operasi.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini.