Sengketa ini berfokus pada koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Masa Pajak Desember 2018 sebesar Rp1.717.557.292 yang dilakukan oleh Terbanding melalui teknik ekualisasi Buku Besar. Terbanding menerapkan diskresi otoritas perpajakan dengan menganggap selisih negatif antara nilai pendapatan (jasa mitra) dibandingkan dengan Harga Pokok Penjualan (HPP) sebagai penyerahan yang belum dipungut PPN-nya, meskipun Pemohon Banding telah menyajikan bukti sebaliknya.
Inti konflik bermula ketika Terbanding melakukan uji rekonsiliasi dan menemukan akun Jasa Mitra (AQ, Collection Clar, Recovery Clar) pada sisi pendapatan lebih rendah daripada beban pokoknya. Terbanding bersikeras bahwa dokumentasi Pemohon Banding tidak memadai karena General Ledger tidak mencantumkan referensi nomor invoice secara detail. Sebaliknya, PT SMS (Pemohon Banding) berargumen bahwa selisih tersebut berasal dari pencatatan uang muka dan mekanisme reimbursement murni atas biaya PPh Pasal 21 dan biaya operasional lainnya yang ditagihkan kepada mitra (PT ADMF Tbk) tanpa adanya tambahan margin atau imbalan jasa.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya melakukan pengujian mendalam terhadap bukti-bukti yang diajukan dalam persidangan. Majelis berpendapat bahwa Pemohon Banding telah berhasil membuktikan alur transaksi melalui bukti pendukung yang konsisten antara pencatatan akuntansi dan realitas bisnis. Mengenai penagihan kembali (reimbursement) biaya PPh Pasal 21, Majelis menegaskan bahwa selama hal tersebut tidak mengandung unsur imbalan jasa dan semata-mata penggantian biaya atas nama pihak lain, maka transaksi tersebut bukan merupakan objek PPN sebagaimana diatur dalam Pasal 4 ayat (1) UU PPN.
Keputusan ini memberikan implikasi penting bagi Wajib Pajak, khususnya perusahaan jasa yang memiliki skema cost-plus atau reimbursement. Putusan ini menegaskan bahwa metode ekualisasi yang digunakan otoritas pajak tidak bersifat absolut jika Wajib Pajak mampu membuktikan validitas arus dokumen dan substansi ekonomi dari setiap akun yang disengketakan. Kemenangan PT SMS menekankan pentingnya kerapian General Ledger dan dokumentasi kontrak yang mendetail untuk menghadapi koreksi yang bersifat administratif-matematis.
Majelis Hakim membatalkan seluruh koreksi Terbanding karena fakta persidangan membuktikan bahwa selisih yang ditemukan bukan merupakan penyerahan kena pajak, melainkan hanya perbedaan waktu pengakuan pendapatan dan penggantian biaya murni.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini