Kewajiban pemotongan PPh Pasal 23 atas jasa manajemen dan tenaga ahli menjadi titik sentral sengketa antara Kopsa MRM melawan Direktorat Jenderal Pajak. Sengketa ini berakar pada perbedaan interpretasi mengenai siapa entitas yang secara hukum membebankan dan membayarkan imbalan jasa dalam ekosistem kemitraan perkebunan kelapa sawit. Terbanding melakukan koreksi DPP PPh Pasal 23 Masa Pajak Desember 2018 setelah menemukan data faktur pajak masukan dari pihak ketiga yang ditujukan langsung kepada koperasi, namun tidak dilakukan pemotongan pajak sebagaimana diatur dalam Pasal 23 ayat (1) huruf c UU PPh.
Inti konflik terletak pada argumen substansi versus formalitas hukum. Kopsa MRM membela diri dengan menyatakan bahwa secara substansi, beban jasa manajemen tersebut adalah milik petani plasma (anggota), mengingat lahan dan tanaman bersertifikat atas nama individu petani. Koperasi mengeklaim perannya hanyalah sebagai administrator atau "penyambung tangan" yang tidak membukukan biaya tersebut dalam laporan laba rugi. Sebaliknya, otoritas pajak berpegang pada fakta hukum bahwa faktur pajak dan tagihan diterbitkan atas nama koperasi, serta pembayaran mengalir dari rekening koperasi, yang secara otomatis menetapkan koperasi sebagai pemotong pajak yang sah.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya menegaskan bahwa posisi koperasi dalam Perjanjian Kemitraan adalah bertindak untuk dan atas nama anggota sebagai satu kesatuan subjek hukum. Karena koperasi yang menandatangani kontrak jasa dengan pihak ketiga (PT AMS dan KJPP) dan melakukan pembayaran, maka kewajiban memotong, menyetor, dan melaporkan PPh Pasal 23 melekat pada koperasi. Majelis menolak dalil koperasi yang menyatakan beban tersebut milik petani, karena secara legal-formal, pihak yang bertransaksi adalah koperasi. Implikasinya, koperasi tidak dapat melepaskan tanggung jawab perpajakan hanya dengan alasan posisi administratif.
Kesimpulan dari putusan ini memberikan pelajaran krusial bagi koperasi di Indonesia bahwa penentuan subjek pemotong pajak sangat bergantung pada pihak yang namanya tercantum dalam dokumen transaksi (invoice dan faktur pajak). Meskipun secara ekonomi beban tersebut diteruskan ke anggota, secara hukum pajak, entitas yang melakukan pembayaran wajib melakukan pemotongan. Putusan ini mempertegas bahwa transparansi dokumentasi dan kesesuaian antara aliran uang dengan aliran dokumen adalah kunci utama menghindari sengketa potput di masa depan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini