Penegasan ketentuan Pasal 12 ayat (3) Undang-Undang Ketentuan Umum dan Tata Cara Perpajakan (UU KUP) secara esensial mewajibkan Wajib Pajak untuk menyelenggarakan pembukuan yang valid, karena kegagalan pemenuhan kewajiban fundamental ini akan berimplikasi pada hak otoritas pajak menggunakan metode penetapan tidak langsung, sebuah fakta yang menjadi inti sengketa dalam Putusan Nomor PUT-004189.16/2021/PP/M.XVIIIA Tahun 2025. Perusahaan di sektor kelapa sawit, PT LSS, mengajukan Banding atas koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) Pajak Pertambahan Nilai (PPN) Masa Pajak Maret 2016 yang didasarkan pada perhitungan potensi omzet dari Surat Pemberitahuan Objek Pajak (SPOP) Pajak Bumi dan Bangunan (PBB) Tahun 2016. Sengketa ini memaparkan konflik antara data estimasi yang digunakan Terbanding dan data realisasi yang diklaim Pemohon Banding, menyoroti pentingnya konsistensi data lintas jenis pajak dan kewajiban pembuktian.
Inti konflik dimulai ketika Direktur Jenderal Pajak (DJP) melakukan koreksi DPP PPN sebesar Rp77.554.868,00. Koreksi ini adalah konsekuensi dari koreksi Peredaran Usaha PPh Badan, yang mana DJP menggunakan data Produktivitas Kebun dalam SPOP PBB 2016 (13 ton/tahun/ha) sebagai dasar perhitungan potensi omzet yang belum dilaporkan. DJP berargumen bahwa Wajib Pajak gagal menyerahkan Laporan Produksi dan PPIC yang krusial, sehingga metode tidak langsung berdasarkan SPOP PBB menjadi pilihan yang sah sesuai standar pemeriksaan. Sebaliknya, Pemohon Banding menolak totalitas koreksi, menegaskan bahwa SPOP PBB hanya memuat data estimasi/target produksi dan tidak memiliki hubungan hukum yang relevan dengan realisasi omzet PPN. Pemohon Banding mengklaim seluruh penyerahan dan PPN telah dilaporkan, dan data penjualan riil telah diserahkan.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memutuskan untuk menolak Banding Wajib Pajak. Dalam pertimbangan hukumnya, Majelis menerima argumentasi Terbanding mengenai hak untuk menggunakan metode tidak langsung. Hal ini didukung oleh kegagalan mutlak Pemohon Banding untuk memenuhi kewajiban pembuktiannya, yaitu menyajikan Laporan Produksi dan dokumen lain yang memadai di persidangan untuk meniadakan hasil perhitungan DJP. Meskipun Majelis dapat menerima SPOP sebagai estimasi, Pemohon Banding tetap tidak dapat menunjukkan nilai realisasi yang sesungguhnya. Lebih lanjut, Majelis memberikan bobot yudisial signifikan pada fakta bahwa Pemohon Banding telah menyetujui dan melunasi 11 SKPKB PPh Final Pasal 4 ayat (2) yang didasarkan pada koreksi peredaran usaha yang sama. Tindakan ini secara implisit dianggap Majelis sebagai pengakuan atas nilai omzet yang dikoreksi, yang kemudian dipergunakan sebagai dasar koreksi DPP PPN.
Implikasi dari putusan ini sangat mendalam bagi wajib pajak yang bergerak di sektor perkebunan dan komoditas. Putusan ini menjadi preseden kuat bahwa data eksternal (seperti SPOP PBB) dapat digunakan secara legal oleh fiskus sebagai dasar koreksi, terutama jika Wajib Pajak gagal menyajikan dokumen primer produksi yang memadai. Wajib Pajak kini dituntut untuk melakukan rekonsiliasi total antara data yang diserahkan untuk keperluan PBB dengan realisasi omzet PPh/PPN. Strategi litigasi pun harus terintegrasi, karena sikap non-litigasi (penerimaan SKP) di satu jenis pajak dapat menjadi bumerang yang melemahkan posisi Wajib Pajak di jenis pajak lainnya, menegaskan bahwa konsistensi dokumentasi adalah benteng pertahanan utama dalam sengketa perpajakan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini