Sengketa perpajakan yang melibatkan PT OMI menyoroti ketegangan antara kepatuhan formal administratif dan hak substansial Wajib Pajak dalam pengkreditan Pajak Masukan. Sebagai perusahaan yang berlokasi di Kawasan Berikat, PT OMI seharusnya menerima fasilitas PPN tidak dipungut untuk perolehan barang modal atau bahan penolong. Namun, dalam praktiknya, PKP Penjual menerbitkan Faktur Pajak dengan kode 010 (dipungut) dan bukannya 070 (tidak dipungut), yang berujung pada koreksi total oleh Direktorat Jenderal Pajak (DJP) karena dianggap menyalahi prosedur fasilitas di kawasan tertentu.
Inti konflik bermula saat Terbanding melakukan pemeriksaan dan menemukan bahwa PT OMI mengkreditkan Pajak Masukan atas pembelian bahan penolong yang PPN-nya telah dibayar. Terbanding berargumen bahwa berdasarkan PMK Nomor 65/PMK.04/2021, perolehan barang oleh pengusaha Kawasan Berikat wajib menggunakan fasilitas tidak dipungut. Jika PPN terlanjur dipungut dengan kode faktur yang salah, maka PPN tersebut tidak dapat dikreditkan sesuai ketentuan Pasal 21 ayat (9) PMK a quo. Sebaliknya, Pemohon Banding menegaskan bahwa mereka telah memenuhi beban finansial PPN tersebut kepada negara melalui penjual, sehingga secara material hak pengkreditan seharusnya tetap melekat sesuai Pasal 9 UU PPN.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam resolusinya mengambil sikap yang sangat berorientasi pada keadilan substansial. Majelis berpendapat bahwa kesalahan penggunaan kode Faktur Pajak oleh PKP Penjual tidak boleh menggugurkan hak PKP Pembeli untuk mengkreditkan pajak yang telah nyata-nyata dibayar. Hakim menekankan bahwa selama Faktur Pajak tersebut memenuhi syarat formal dan material sebagaimana diatur dalam Pasal 13 ayat (5) UU PPN dan tidak termasuk dalam kategori yang dilarang dikreditkan menurut Pasal 9 ayat (8), maka koreksi Terbanding tidak memiliki landasan hukum yang kuat.
Analisis atas putusan ini menunjukkan bahwa Majelis Hakim memprioritaskan prinsip neutrality dalam PPN, di mana beban pajak tidak boleh tertahan di tingkat pengusaha jika barang tersebut digunakan untuk kegiatan usaha. Implikasi bagi praktik perpajakan adalah bahwa kegagalan administratif PKP Penjual dalam menentukan kode fasilitas (070) tidak secara otomatis menghapus hak pengkreditan PKP Pembeli (010), sepanjang arus uang dan arus barang dapat dibuktikan secara valid. Putusan ini menjadi preseden penting bahwa hak substansial Wajib Pajak dilindungi oleh UU PPN di atas regulasi tingkat Peraturan Menteri yang bersifat administratif.
Kesimpulannya, sengketa ini menegaskan bahwa kepatuhan pada prosedur fasilitas Kawasan Berikat memang krusial, namun tidak boleh menegasikan prinsip dasar pengkreditan Pajak Masukan. Direkomendasikan bagi Wajib Pajak di kawasan tertentu untuk lebih proaktif melakukan rekonsiliasi dengan vendor agar kode faktur sesuai sejak awal guna menghindari sengketa berkepanjangan.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini