Sengketa Pajak Pertambahan Nilai (PPN) antara PT Pertamina Power Indonesia (PPI) dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) memberikan preseden krusial mengenai syarat pengkreditan Pajak Masukan (PM) bagi perusahaan dengan struktur penyerahan campuran (mixed activities). Fokus sengketa berpusat pada koreksi PM Masa Pajak Februari 2021 sebesar Rp 180.768.857,00 yang dilakukan Terbanding melalui metode penghitungan kembali secara proporsional. DJP berargumen bahwa biaya operasional di Kantor Pusat merupakan biaya bersama yang menunjang seluruh unit usaha, termasuk unit yang penyerahannya dibebaskan dari PPN seperti penjualan listrik dari PLTS Sei Mangkei.
PT PPI dalam bantahannya menegaskan telah menerapkan prinsip pemisahan pembukuan yang ketat menggunakan sistem SAP guna mengidentifikasi peruntukan setiap Pajak Masukan secara pasti (direct-use). Pemohon Banding mengeklaim bahwa PM yang dikreditkan di Kantor Pusat hanya berkaitan dengan kegiatan yang terutang PPN, sementara PM untuk unit usaha yang dibebaskan telah dilaporkan secara terpisah pada Lampiran B3 SPT Masa PPN. Namun, dalam proses pembuktian di persidangan, ditemukan fakta bahwa beberapa faktur pajak yang dikreditkan di Kantor Pusat ternyata memiliki keterkaitan dengan pembangunan pembangkit listrik yang sifat penyerahannya kelak dibebaskan dari pengenaan PPN.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan pendapat hukum yang menitikberatkan pada aspek substansi pembuktian atas pemisahan biaya. Majelis menilai bahwa peran Kantor Pusat secara administratif sulit dipisahkan dari fungsi manajerial seluruh unit bisnis. Karena Pemohon Banding tidak dapat menyajikan data pembukuan yang secara eksklusif membuktikan bahwa PM Kantor Pusat sama sekali tidak digunakan untuk kegiatan yang dibebaskan, maka penggunaan Pedoman Penghitungan Pengkreditan PM sesuai PMK Nomor 78/PMK.03/2010 menjadi imperatif. Majelis Hakim akhirnya menolak banding PT PPI, menegaskan bahwa ketidakmampuan memisahkan biaya secara fisik dan administratif berkonsekuensi pada koreksi proporsional.
Putusan ini memberikan implikasi serius bagi Wajib Pajak yang memiliki lini bisnis dengan perlakuan PPN berbeda. Kegagalan dalam membuktikan alokasi PM secara spesifik per transaksi akan memaksa penggunaan rumus proporsional yang seringkali merugikan secara finansial. Kesimpulannya, perusahaan harus memastikan bahwa kodefikasi transaksi dalam sistem ERP tidak hanya rapi secara akuntansi, namun juga didukung oleh bukti pendukung material yang menunjukkan bahwa perolehan BKP/JKP di Kantor Pusat benar-benar tidak memiliki andil dalam operasional unit yang penyerahannya tidak terutang atau dibebaskan dari PPN.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini