Sengketa ini berfokus pada koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Masa Pajak Desember 2019 milik PT SPN sebesar Rp1.655.641.653 yang ditetapkan melalui mekanisme gugatan atas Keputusan Direktur Jenderal Pajak Nomor KEP-00369/NKEB/PJ/WPJ.01/2024. Pihak Tergugat melakukan koreksi berdasarkan hasil pemeriksaan lapangan yang menemukan adanya aliran uang masuk pada rekening koran bank yang tidak dilaporkan sebagai peredaran usaha. Mengacu pada Pasal 12 ayat (3) UU KUP, Tergugat berwenang menetapkan pajak terutang berdasarkan bukti yang ditemukan jika Wajib Pajak tidak menyelenggarakan pembukuan secara patuh.
Inti konflik terletak pada perbedaan kualifikasi atas dana masuk di rekening koran BRI dan BCA milik Penggugat. Penggugat berargumen bahwa dana tersebut merupakan pinjaman dari pihak ketiga (individu) yang digunakan murni untuk menutupi kebutuhan kas operasional (pembayaran gaji buruh outsourcing) akibat keterlambatan penagihan kepada pelanggan. Sebaliknya, Tergugat mengklasifikasikan dana tersebut sebagai tambahan peredaran usaha (omzet) karena Penggugat gagal menunjukkan pencatatan hutang dalam General Ledger (GL) maupun Neraca pada SPT Tahunan PPh Badan 2019, serta tidak adanya kehadiran pemberi pinjaman saat dipanggil untuk klarifikasi.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak dalam pertimbangan hukumnya menegaskan bahwa sengketa yang diajukan melalui Pasal 36 ayat (1) huruf b UU KUP terkait permohonan pembatalan ketetapan pajak yang tidak benar merupakan ranah diskresi administratif Direktur Jenderal Pajak. Hakim menilai bahwa secara formal, Tergugat telah menjalankan prosedur penelitian yang benar sesuai PMK-8/PMK.03/2013. Secara materiil, bukti berupa "Surat Perjanjian Utang Piutang" yang baru disampaikan saat proses keberatan/gugatan tanpa dukungan pencatatan akuntansi yang konsisten sejak awal dinilai tidak memiliki kekuatan pembuktian yang kuat untuk membatalkan koreksi.
Analisis atas putusan ini menunjukkan bahwa transparansi arus kas dan konsistensi pembukuan adalah harga mati dalam menghadapi uji arus uang oleh otoritas pajak. Implikasi bagi PT SPN dan Wajib Pajak lainnya adalah bahwa setiap transaksi keuangan, termasuk pinjaman dari pihak afiliasi atau individu, wajib didokumentasikan dalam administrasi hutang yang sinkron dengan laporan keuangan tahunan. Kegagalan dalam mengadministrasikan instrumen hutang secara formal mengakibatkan setiap uang masuk di rekening bank berisiko tinggi diklasifikasikan sebagai omzet yang dikenai PPN dan PPh.
Kesimpulannya, Majelis Hakim menolak gugatan Penggugat karena tidak ditemukan kesalahan prosedur oleh Tergugat dan lemahnya pembuktian material dari pihak Penggugat. Kasus ini menegaskan bahwa dokumen hukum seperti surat perjanjian tidak cukup tanpa didukung oleh rekonsiliasi fiskal dan pembukuan yang akurat di dalam laporan keuangan yang telah dilaporkan.