Sengketa pengkreditan Pajak Masukan seringkali menjadi batu sandungan bagi perusahaan yang memiliki diversifikasi lini bisnis antara penyerahan terutang PPN dan penyerahan dibebaskan. Berdasarkan ketentuan Pasal 9 ayat (6) UU PPN dan PMK 78/2010, efektivitas sistem akuntansi dalam memisahkan biaya secara langsung (direct identification) menjadi penentu mutlak apakah pajak masukan dapat dikreditkan sepenuhnya atau wajib melalui mekanisme pro-rata yang seringkali merugikan arus kas perusahaan.
Inti konflik dalam perkara ini berpusat pada koreksi Terbanding atas Pajak Masukan kantor pusat PT PPI sebesar Rp74.750.804,00. Terbanding berargumen bahwa sebagai entitas yang melakukan penyerahan terutang PPN (sewa PLTS) dan penyerahan dibebaskan (listrik PLTBg), biaya-biaya kantor pusat bersifat umum (general overhead) yang tidak dapat dipisahkan secara pasti peruntukannya. Sebaliknya, PT PPI menegaskan bahwa mereka telah menggunakan sistem SAP yang mampu melakukan identifikasi langsung terhadap setiap biaya, sehingga mekanisme pro-rata tidak seharusnya diterapkan.
Majelis Hakim dalam resolusinya berpendapat bahwa pembuktian di persidangan tidak mendukung klaim pemisahan pembukuan secara absolut. Meskipun sistem SAP digunakan, fakta menunjukkan bahwa beberapa faktur pajak kantor pusat masih memiliki keterkaitan dengan proyek yang penyerahannya dibebaskan, sekalipun proyek tersebut masih dalam tahap konstruksi. Hakim menegaskan bahwa tanpa adanya pemisahan pembukuan yang menyajikan informasi per transaksi secara spesifik untuk setiap jenis penyerahan, maka metode proporsional adalah satu-satunya instrumen hukum yang sah untuk menghitung Pajak Masukan yang dapat dikreditkan.
Analisis ini menunjukkan bahwa "identifikasi langsung" menuntut rigiditas administratif yang sangat tinggi. Implikasinya bagi Wajib Pajak adalah perlunya audit internal terhadap cost center dan pengalokasian Pajak Masukan sejak tahap input data di sistem akuntansi untuk memastikan setiap rupiah pajak masukan dapat diatribusikan secara eksklusif pada penyerahan yang terutang PPN guna menghindari diskualifikasi pengkreditan oleh otoritas pajak.
Kesimpulannya, kemenangan Terbanding menegaskan bahwa kecanggihan sistem ERP tidak otomatis menggugurkan kewajiban substantif pemisahan pembukuan menurut regulasi PPN. Wajib Pajak harus mampu membuktikan bahwa tidak ada satu pun komponen dalam faktur pajak tersebut yang memberikan manfaat bagi lini bisnis yang dibebaskan dari PPN.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini