Majelis Hakim Pengadilan Pajak melalui Putusan Nomor PUT-003219.99/2025/PP/M.XVA menegaskan bahwa pengenaan sanksi administrasi Pasal 14 ayat (4) UU KUP sebesar 1% dari Dasar Pengenaan Pajak akibat keterlambatan penerbitan Faktur Pajak dapat dibatalkan apabila terbukti terdapat kendala teknis dan itikad baik Wajib Pajak. Sengketa ini bermula ketika Terbanding menerbitkan Surat Tagihan Pajak (STP) PPN Masa Pajak Juli 2023 terhadap PT CMS karena dianggap melanggar ketentuan saat pembuatan Faktur Pajak sebagaimana diatur dalam PER-03/PJ/2022. Terbanding bersikukuh bahwa secara formalitas, tanggal pada Faktur Pajak melewati batas waktu penyerahan barang atau jasa sehingga sanksi denda merupakan konsekuensi hukum yang bersifat mutlak dan otomatis sesuai sistem database perpajakan.
Namun, PT CMS selaku Penggugat mengajukan bantahan dengan mengungkapkan adanya anomali pada sistem e-Faktur serta kendala administratif internal yang menghambat proses sinkronisasi data tepat pada waktunya. Penggugat berargumen bahwa seluruh kewajiban pembayaran PPN telah dilakukan sepenuhnya tanpa ada kerugian pada pendapatan negara, sehingga pengenaan sanksi denda 1% menjadi beban finansial yang tidak proporsional dan mencederai keadilan bagi pelaku usaha. Inti konflik terletak pada pertentangan antara kepastian hukum formal yang dipegang oleh DJP dengan prinsip keadilan substansial yang diperjuangkan oleh Wajib Pajak dalam permohonan pembatalan ketetapan pajak yang tidak benar berdasarkan Pasal 36 ayat (1) huruf c UU KUP.
Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya memvalidasi bahwa meskipun terdapat keterlambatan secara administratif, fakta menunjukkan adanya upaya kepatuhan dari Penggugat dan kendala eksternal sistem yang tidak sepenuhnya di bawah kendali Wajib Pajak. Hakim menilai bahwa sanksi administrasi tidak seharusnya menjadi instrumen yang menghukum Wajib Pajak yang memiliki itikad baik (good faith). Putusan ini membawa implikasi penting bahwa Pengadilan Pajak kini semakin mengedepankan evaluasi material dan latar belakang penyebab pelanggaran administratif daripada sekadar mencocokkan tanggal secara kaku. Kesimpulannya, Gugatan dikabulkan seluruhnya dan STP dibatalkan, memberikan preseden bagi Wajib Pajak lain untuk tetap memperjuangkan haknya apabila sanksi yang dikenakan dirasa tidak adil secara substansi.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini