Sengketa PPN antara PT LVI dan otoritas pajak bermula dari koreksi DPP sebesar Rp 98,5 juta akibat selisih uji arus uang. Terbanding mengasumsikan selisih tersebut sebagai peredaran usaha yang belum dilaporkan, namun Majelis Hakim memiliki pandangan berbeda berdasarkan bukti material yang terungkap dalam persidangan mengenai anomali sistem administrasi pajak.
Inti konflik ini terletak pada interpretasi arus kas masuk sebesar USD 88,368. DJP bersikukuh bahwa setiap uang masuk yang tidak dapat dibuktikan dokumen sumbernya secara sempurna saat pemeriksaan dianggap sebagai omzet. Sebaliknya, WP berargumen bahwa uang tersebut adalah penggantian (reimbursement) dari pelanggan atas PPN yang tidak dapat dikreditkan melalui nota retur karena sistem e-Faktur mengalami kendala teknis ("No Reff"). WP terpaksa menanggung beban PPN tersebut secara finansial, yang kemudian diganti oleh pelanggan sebagai bentuk kompensasi kerugian.
Majelis Hakim dalam pertimbangannya mengedepankan asas substance over form. Fakta persidangan menunjukkan adanya surat keterangan dari otoritas terkait dan pengakuan petugas AR bahwa sistem e-Faktur memang mengalami anomali massal pada periode tersebut. Majelis menilai bahwa uang masuk tersebut murni merupakan penggantian biaya dan bukan berasal dari penyerahan barang atau jasa baru yang terutang PPN. Selain itu, metode alokasi pro-rata yang digunakan Terbanding dianggap cacat hukum karena tidak mencerminkan saat terutang pajak yang sebenarnya.
Secara yuridis, putusan ini menegaskan bahwa kebenaran materiil harus diutamakan di atas formalitas administrasi. Kesalahan sistemik pada infrastruktur perpajakan tidak boleh membebani Wajib Pajak secara finansial selama bukti pendukung lainnya dapat membuktikan hakikat transaksi yang sebenarnya. Putusan ini menjadi preseden penting bagi WP yang menghadapi kendala teknis serupa dalam pelaporan e-Faktur untuk selalu mendokumentasikan korespondensi dengan pihak ketiga dan otoritas pajak sebagai alat bukti kuat di persidangan.