Direktur Jenderal Pajak memiliki kewenangan absolut dalam menguji kepatuhan melalui pemeriksaan, namun kewenangan tersebut dibatasi oleh koridor prosedural yang ketat sebagaimana diatur dalam Pasal 29 UU KUP dan PMK Tata Cara Pemeriksaan. Kasus PT BBN menjadi preseden krusial di mana Keputusan Tergugat yang menolak pembatalan SKPKB akhirnya dibatalkan oleh Majelis Hakim karena terbukti adanya cacat prosedur yang fatal. Inti konflik bermula ketika Tergugat menerbitkan SKPKB PPh Badan Tahun 2018 tanpa melalui proses penyampaian SPHP secara patut dan tidak memberikan kesempatan kepada Wajib Pajak untuk hadir dalam Pembahasan Akhir Hasil Pemeriksaan (Closing Conference).
Tergugat berargumen bahwa proses administrasi telah dijalankan dan menganggap permohonan pembatalan berdasarkan Pasal 36 Ayat (1) huruf b UU KUP tidak tepat karena seharusnya diajukan melalui mekanisme keberatan. Di sisi lain, Penggugat menegaskan bahwa ketiadaan SPHP dan Pembahasan Akhir adalah pelanggaran hak asasi wajib pajak yang dijamin oleh regulasi, sehingga ketetapan yang dihasilkan adalah produk hukum yang tidak sah. Majelis Hakim dalam pertimbangan hukumnya sepakat dengan Penggugat, menyatakan bahwa pemenuhan aspek formal pemeriksaan adalah syarat mutlak keabsahan sebuah ketetapan pajak. Kegagalan Tergugat dalam membuktikan penyampaian SPHP dan undangan pembahasan akhir sesuai jangka waktu yang ditentukan menjadikan SKPKB tersebut cacat hukum (procedural flaw).
Resolusi perkara ini memberikan penegasan bahwa Pengadilan Pajak berwenang mengadili aspek formal melalui jalur Gugatan jika terkait dengan Pasal 36 UU KUP. Amar putusan yang mengabulkan seluruhnya gugatan Penggugat memberikan sinyal kuat bagi otoritas pajak untuk lebih disiplin dalam menjalankan tahapan pemeriksaan. Implikasi dari putusan ini bagi Wajib Pajak adalah pentingnya mengawal setiap detail dokumen formal dalam proses pemeriksaan, karena pelanggaran prosedur oleh otoritas dapat menjadi dasar hukum yang kuat untuk membatalkan seluruh ketetapan pajak yang diterbitkan.