Regulasi perpajakan Indonesia, khususnya dalam konteks Pajak Pertambahan Nilai (PPN), secara eksplisit mengatur bahwa penyerahan Barang Kena Pajak (BKP) atau Jasa Kena Pajak (JKP) dari kantor pusat ke kantor cabang atau sebaliknya dianggap sebagai penyerahan terutang PPN, sebagaimana termaktub dalam Pasal 1A ayat (1) huruf f Undang-Undang PPN, kecuali telah dilakukan Pemusatan Tempat Terutang PPN atau Sentralisasi. Kasus PT JMI menyoroti ketegangan antara kepatuhan formal terhadap ketentuan Sentralisasi ini dengan prinsip fundamental PPN, yaitu menghindari pemajakan berganda dan memastikan tidak ada kerugian negara.
Sengketa ini berpusat pada koreksi Dasar Pengenaan Pajak (DPP) PPN Masa Pajak September 2021 atas transaksi internal antara Kantor Pusat dan Kantor Cabang PT JMI yang bergerak dalam perbaikan dan pembuatan kapal. Terbanding (Direktorat Jenderal Pajak) berpegangan pada formalitas: Pusat dan Cabang PT JMI adalah dua Pengusaha Kena Pajak (PKP) terpisah karena belum adanya pengajuan dan penetapan Sentralisasi PPN. Akibatnya, penyerahan kapal dari Cabang (unit produksi) ke Pusat (unit administrasi/penjualan) wajib dikenakan PPN dengan DPP berdasarkan Harga Pokok Penjualan (HPP).
Pemohon Banding membantah koreksi tersebut dengan argumentasi substansi. PT JMI menyatakan bahwa seluruh omzet penjualan akhir kapal telah dilaporkan dan PPN Keluaran telah dipungut serta disetor melalui NPWP Kantor Pusat. PPN yang dikoreksi di Cabang adalah PPN yang secara substansial sudah dimasukkan dalam PPN Keluaran yang dibayarkan di Pusat. Menurut Pemohon Banding, masalah ini hanyalah kekeliruan administrasi dan tidak menimbulkan kekurangan pembayaran PPN terutang, sehingga koreksi tersebut berpotensi menimbulkan pemajakan berganda atas transaksi yang sama.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak mengambil posisi yang mendukung prinsip keadilan substantif. Meskipun Majelis mengakui adanya pelanggaran formal karena ketiadaan Sentralisasi PPN, namun Majelis berpendapat bahwa Terbanding gagal membuktikan adanya kekurangan PPN yang substansial. Dengan bukti rekonsiliasi yang menunjukkan bahwa PPN sudah disetor oleh Kantor Pusat, Majelis Hakim menyimpulkan bahwa koreksi Terbanding akan menyebabkan pemajakan berganda. Oleh karena itu, Majelis memutuskan untuk mengabulkan seluruhnya permohonan Banding Pemohon Banding.
Putusan ini menegaskan bahwa dalam sengketa perpajakan, prinsip substansi ekonomi dapat mengungguli ketidaksempurnaan formalitas administrasi. Namun, pelajaran utamanya adalah Wajib Pajak sebaiknya segera mengajukan Pemusatan PPN untuk menghilangkan risiko sengketa yang mahal terkait transaksi internal. Kasus PT JMI merupakan studi kasus klasik mengenai konflik antara kepatuhan formal PPN dan prinsip non-double taxation.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini