Sengketa Pajak Pertambahan Nilai (PPN) antara PT GPL dan Direktorat Jenderal Pajak (DJP) ini berpusat pada penolakan pengkreditan Pajak Masukan atas perolehan Barang Kena Pajak (BKP) dan Jasa Kena Pajak (JKP) yang digunakan untuk menghasilkan Tandan Buah Segar (TBS). DJP melakukan koreksi signifikan sebesar Rp4.070.536.302,00 pada Masa Pajak November 2020 dengan dalih bahwa Pajak Masukan tersebut terkait dengan unit kebun yang menghasilkan komoditas yang dibebaskan dari pengenaan PPN, sehingga berdasarkan prinsip pre-rata dalam Pasal 9 ayat (5) UU PPN, Pajak Masukan tersebut tidak dapat dikreditkan.
Inti konflik hukum ini terletak pada perbedaan penafsiran mengenai status TBS dan hak pengkreditan Pajak Masukan atas biaya bersama (joint cost). DJP bersikukuh menggunakan pendekatan proporsionalitas, menganggap bahwa karena PT GPL memiliki unit kebun yang menghasilkan produk non-PPN (TBS) dan unit pabrik yang menghasilkan produk kena pajak (CPO), maka Pajak Masukan yang tidak dapat dipisahkan secara langsung harus dihitung kembali. Sebaliknya, PT GPL berargumen secara progresif dengan merujuk pada Putusan Mahkamah Agung Nomor 70P/HUM/2013 yang telah membatalkan norma dalam PP Nomor 31 Tahun 2007. PT GPL menegaskan bahwa seluruh Pajak Masukan yang dibayar memiliki hubungan langsung dengan kegiatan usaha menghasilkan BKP, mengingat integrasi bisnis dari hulu ke hilir adalah satu kesatuan yang tak terpisahkan untuk tujuan produksi.
Majelis Hakim Pengadilan Pajak memberikan resolusi hukum yang memihak Wajib Pajak dengan merujuk pada hierarki perundang-undangan dan yurisprudensi Mahkamah Agung. Majelis berpendapat bahwa sejak adanya Putusan MA Nomor 70P/HUM/2013, komoditas hasil pertanian (termasuk TBS) telah dikembalikan statusnya sebagai Barang Kena Pajak. Dengan demikian, pengkreditan Pajak Masukan atas perolehan BKP/JKP yang digunakan untuk menghasilkan BKP strategis adalah sah secara hukum, meskipun penyerahan akhirnya dibebaskan dari pengenaan PPN. Koreksi Terbanding dinilai tidak lagi memiliki dasar hukum yang relevan karena masih menggunakan asumsi lama yang telah dianulir oleh Mahkamah Agung.
Analisis atas putusan ini menunjukkan dampak krusial bagi industri perkebunan terintegrasi di Indonesia. Putusan ini menegaskan kembali bahwa prinsip lex superior derogat legi inferiori berlaku mutlak, di mana aturan setingkat Peraturan Pemerintah atau Peraturan Menteri tidak boleh mengesampingkan hak dasar pengkreditan Pajak Masukan yang dijamin undang-undang pasca pembatalan oleh MA. Kesimpulannya, kemenangan PT GPL ini menjadi preseden penting bagi Wajib Pajak di sektor serupa untuk tetap mempertahankan hak pengkreditan Pajak Masukannya selama dapat membuktikan hubungan langsung dengan kegiatan usaha menghasilkan BKP, sekaligus mengingatkan otoritas pajak untuk menyelaraskan kebijakan teknis dengan putusan hukum tertinggi.
Analisa Komprehensif dan Putusan Pengadilan Pajak atas Sengketa Ini Tersedia di sini